Biologia química (Abril 2020)

Inhibició al·lostèrica del factor-2 inductible de l'hipòxia amb molècules petites

Inhibició al·lostèrica del factor-2 inductible de l'hipòxia amb molècules petites

Temes Bioquímica Biofísica Càncer Eines químiques Cribratge d’alt rendiment Petites molècules Resum Els factors inductibles de l’hipòxia (HIF) són factors de transcripció heterodimèrics induïts en molts càncers on promouen freqüentment l’expressió de vies protumorigèniques. Tot i que els factors de transcripció es consideren típicament "indubtables", el domini PAS-B de la subunitat HIF-2α conté una gran cavitat dins del nucli hidrofòbic que ofereix un punt de vista únic per a la regulació de molècules petites. Aquí identifiquem lligams

Cycloaddition chiral

Cycloaddition chiral

Temes Mecanismes de reacció Síntesi química Angew Chem. Int. Ed. 51 , 1248–1251 (2012) Les reaccions de dòmino ofereixen un accés fàcil a arquitectures moleculars complexes, sovint amb un control estereoquímic exquisit. Shi et al . proporciona un exemple elegant d'aquest enfocament en una nova reacció de [2 + 2 + 2] de cicloel·lació que combina les reaccions de Michael i Henry per accedir a un producte ciclohexà amb substituents estereoquímicament definits a cada anell de carboni. En particula

Inteins sota embolcalls

Inteins sota embolcalls

Temes Dany i reparació de l'ADN Mecanismes enzimàtics Modificacions post-traduccionals Prediccions de l'estructura de proteïnes Àcids Nucleics Res. doi: 10.1093 / nar / gkv612 Les intestines són elements autoexplicants que s’allibereixen de les proteïnes traduïdes per deixar enrere l’exteïna o proteïna madura. Es creu que

Informació mínima sobre un clúster de gens biosintètics

Informació mínima sobre un clúster de gens biosintètics

Temes Biosíntesi Productes naturals Anotació de seqüència Biologia sintètica Es coneix que una gran varietat de vies enzimàtiques que produeixen metabòlits especialitzats en bacteris, fongs i plantes estan codificades en cúmuls de gens biosintètics. Actualment, la informació sobre aquests cúmuls, vies i metabòlits està dispersa a la literatura, cosa que dificulta la seva explotació. Per facilita

Mobilitzar pèptids en immunitat

Mobilitzar pèptids en immunitat

Temes Immunologia Pèptids Aprofitar el sistema immune per tractar la malaltia es facilitarà una comprensió més gran dels orígens i els rols dels pèptids en la immunitat. Fa més de 30 anys que se sap que els pèptids són factors crítics per mobilitzar el sistema immune contra els invasors estrangers. Des de l

Erratum: activitat de l’amminoglicòsid observada en complexos de ribosomes únics de pre-translocació

Erratum: activitat de l’amminoglicòsid observada en complexos de ribosomes únics de pre-translocació

Temes Mecanisme d’acció Ribosoma Biologia estructural ARNm L'article original es va publicar el 29 de novembre de 2009 Nat. Chem. Biol. 6 , 54–62 (2010); publicat en línia el 29 de novembre de 2009; corregit després de la impressió el 12 de febrer de 2010 A la versió d’aquest article publicat inicialment, a la clau de la figura 6a, les unitats de dues de les concentracions d’inhibidors eren etiquetades incorrectament com a “M”, on haurien d’haver llegit “μM”. S'ha corregit l

Erratum: visions sobre la mucopolisacaridosi I a partir de l'estructura i l'acció de α-L -iduronidasa

Erratum: visions sobre la mucopolisacaridosi I a partir de l'estructura i l'acció de α-L -iduronidasa

Temes Biologia química Trastorns metabòlics Biologia estructural L'article original es va publicar l'11 de setembre de 2013 Nat. Chem. Biol. ; doi: 10.1038 / nchembio.1357; corregit en línia el 20 de setembre de 2013 A la versió d’aquest article publicat inicialment en línia, a la secció de mètodes “Inhibidors d’IDUA sintetitzats”, es van proporcionar dos noms químics diferents per a 5F-IdoAF i es va ometre involuntàriament un nom complet per a 2F-IdoAF. A més, a la lle

Rectificum: Imatge molecular del peròxid d’hidrogen produït per a la senyalització cel·lular

Rectificum: Imatge molecular del peròxid d’hidrogen produït per a la senyalització cel·lular

L'article original es va publicar el 01 d'abril de 2007 Nature Chemical Biology 3 , 263-267 (2007); publicat en línia l'1 d'abril de 2007; corregit després de la impressió el 3 de maig de 2007 A la versió d’aquest article publicat inicialment, el cognom del segon autor està escrit malament. El no

Rectificum: reprogramació reversible basada en molècules petites de la vida útil cel·lular

Rectificum: reprogramació reversible basada en molècules petites de la vida útil cel·lular

Nature Chemical Biology 2 , 369–374 (2006); publicat en línia l'11 de juny de 2006; corregit després de la impressió el 22 de desembre de 2006 A la versió d’aquest article publicat inicialment, no es van declarar interessos financers competitius. Els autors declaren ara que tenen interessos concurrents que es podrien percebre per influir en els resultats i la discussió reportats en aquest article, que es detallen en una declaració d’interessos financers concurrents que l’acompanyen. S'ha cor

Rectificador: els moduladors d’eixos SMN2 milloren l’associació pre-ARNm i rescaten ratolins SMA

Rectificador: els moduladors d’eixos SMN2 milloren l’associació pre-ARNm i rescaten ratolins SMA

L'article original es va publicar el 01 de juny de 2015 Nat. Chem. Biol. 11 , 511–517 (2015); publicat en línia l'1 de juny de 2015; corregit en línia el 15 de juliol de 2015 Els autors van oblidar incloure una descripció del mesurament dels nivells de proteïna SMN en mostres de teixit en els mètodes en línia. Aquest

Captar la cooperativitat

Captar la cooperativitat

Si es consideren definicions i mecanismes comuns de comportament cooperatiu, es poden produir noves visions de la funció biològica i química. La cooperativitat és coneguda com la base energètica per a diversos esdeveniments microscòpics, com la quel·lació simultània dels ions metàl·lics, la coordinació temporal del plegament de proteïnes i la funció concertada dels conjunts biomoleculars. A escala mac

Una ventada per l’ARN

Una ventada per l’ARN

Dos premis Nobel del 2006 reflecteixen el paper central de l'ARN en la regulació gènica i posen l'accent en la interacció dels descobriments en la química i la biologia. L’ARN ha destacat de manera destacada en una sèrie de descobriments innovadors recents. El desembre del 2006, el comitè Nobel va reconèixer dos avenços en concedir el premi Nobel de química a Roger Kornberg pel seu treball per elucidar els mecanismes moleculars de la transcripció de l'ARN i el premi Nobel de fisiologia o medicina a Craig Mello i Andrew Fire pel seu descobriment. d’interfer

Corrigendum: La dinàmica connecta el reconeixement del substrat a la catàlisi en proteïna quinasa A

Corrigendum: La dinàmica connecta el reconeixement del substrat a la catàlisi en proteïna quinasa A

Temes Mecanismes enzimàtics Les cinases Conformació molecular L'article original es va publicar el 3 d'octubre de 2010 Nat. Chem. Biol. 6 , 821–828 (2010); publicat en línia el 3 d'octubre de 2010; corregit després de la impressió el 18 d'abril de 2011 En la versió d’aquest article publicat inicialment, els autors van reconèixer incorrectament el finançament dels Instituts Nacionals de Salut dels Estats Units, GM64742. El número

Comentaris convincents

Comentaris convincents

Temes Biologia química Edició Els científics han d’estar atents per assegurar la integritat del registre publicat i trobar noves maneres de facilitar el debat científic en l’era electrònica. En la nostra era d’informació i xarxes socials actualitzades al minut, els descobriments científics recentment publicats, especialment els que apareixen a revistes d’alt perfil, estan arribant a una audiència científica més gran i al públic en general amb més eficiència. Tot i això, aquests

Erratum: el reticle endoplasmàtic Ca2 + augmenta la millora de la proteòstasi de glucocerebrosidasa mutant

Erratum: el reticle endoplasmàtic Ca2 + augmenta la millora de la proteòstasi de glucocerebrosidasa mutant

Temes Senyalització de calci Reticle endoplàsmic Malalties metabòliques L'article original es va publicar el 09 de maig de 2010 Nat. Chem. Biol. 6 , 424–432 (2010); publicat en línia el 9 de maig de 2010; corregit després de la impressió el 21 de maig de 2010. En la versió d’aquest article publicat inicialment, una de les línies cel·lulars emprades es va donar erròniament la designació mutant L444P en referència a la figura 6a, i una altra línia cel·lular no va incloure aquesta designació en referència a la figura complementària 11a, b. S'han corregit

Els ulls ben oberts

Els ulls ben oberts

Comprendre el funcionament de les proteïnes de manera aïllada i en el seu context nadiu requereix una fusió de tècniques de nivell molecular que exploren la interacció de l'estructura i la dinàmica de proteïnes. Els conceptes de "un gen, un enzim" i "l'estructura determina la funció" són conceptes bàsics de la bioquímica moderna. A això se

Rectificum: Lluita contra la malaltia neurodegenerativa amb sondes químiques i sistemes models

Rectificum: Lluita contra la malaltia neurodegenerativa amb sondes químiques i sistemes models

Temes Models biològics Biologia química Malalties neurodegeneratives Terapèutica Nat. Chem. Biol. 10 , 911–920 (2014); publicat en línia el 17 d'octubre de 2014; corregit després de la impressió l'11 de desembre de 2014 En la versió d’aquest article publicat originalment, l’entrada “fase” per a PBT2 de la taula 1 es va etiquetar inadvertidament com a “Discontinued”. Ara s'ha correg

Estrenyiment dels objectius reals

Estrenyiment dels objectius reals

Temes Genètica química Proteòmica Identificació de la destinació Molts inhibidors de la cinasa per a la teràpia del càncer són més aviat no selectius, i els seus mecanismes d’acció cel·lular s’entenen de manera incompleta. Una estratègia de protecció química i genètica química nidificada revela quins objectius cel·lulars de l’inhibidor de la cinasa clínica dasatinib es relacionen funcionalment amb la seva activitat anti-oncogènica. La senyalització desreg

Posar dades al treball

Posar dades al treball

Temes Bases de dades Genòmica Comunitat científica L’ús òptim dels extensos conjunts de dades que es generen en l’era post-genòmica requerirà uns estàndards clars i un compromís per a una comunicació oberta. Els químics i biòlegs han avançat tradicionalment la ciència definint un sistema d’interès particular, formulant models per al funcionament del sistema i provant aquests models a nivells creixents de resolució molecular. L’arribada de les n

La línia de fons

La línia de fons

El suport millorat del finançament i l’increment de la participació dels biòlegs químics en el procés de finançament són fonamentals per a l’avanç del camp. En els millors moments, els científics acadèmics s’enfronten a reptes a l’hora d’obtenir fons per recolzar els seus esforços de recerca independents. No són els millors

Què hi ha en ressenya?

Què hi ha en ressenya?

Temes Biologia química Revisió per parells Els àrbitres científics accepten un paper crític en el procés de revisió entre iguals. Què esperem dels revisors de la química biològica de la natura ? La revisió entre iguals segueix sent el mecanisme principal per mantenir alts estàndards i garantir la exhaustivitat i la precisió dels estudis científics. També propor

Trobar-se

Trobar-se

Temes Edició Garantir que les vostres tasques i els vostres interessos siguin accessibles en línia, amplien l’abast del vostre treball científic. L’edició científica s’ha convertit en sinònim d’investigació científica, proporcionant un mecanisme per compartir descobriments i hipòtesis i per inspirar futurs esforços. Tot i això, la g

Errata: evolució directa dirigida de aminoacil-ARN sintetases

Errata: evolució directa dirigida de aminoacil-ARN sintetases

L'article original es va publicar el 16 d'octubre de 2017 Nat. Chem. Biol. 13 , 1253–1260 (2017); publicat en línia el 16 d'octubre de 2017; corregit després de la impressió l'1 de desembre de 2017 A la versió d’aquest article publicat inicialment, es van transposar els colors de l’etiqueta per a p -NF i p -IF a la clau de la figura 4c. Les barr

Rectificant: Arginina-ramnosilació com a nova estratègia per activar el factor d’allargament de traducció P

Rectificant: Arginina-ramnosilació com a nova estratègia per activar el factor d’allargament de traducció P

L'article original es va publicar el 16 de febrer de 2015 Nat. Chem. Biol. ; doi: 10.1038 / nchembio.1751; corregit en línia el 24 de febrer de 2015 En la versió d’aquest article publicat inicialment en línia, la inicial inicial del segon autor no es va ometre involuntàriament. S'ha corregit l'error per a les versions d'impressió, PDF i HTML d'aquest article. Autor

Rectific: els pèptids al·lostèrics s’uneixen a un zimogen de la caspasa i medien la tetramerització de la caspasa.

Rectific: els pèptids al·lostèrics s’uneixen a un zimogen de la caspasa i medien la tetramerització de la caspasa.

Temes Cribratge de drogues Mecanismes enzimàtics Malalties neurodegeneratives Biologia estructural L'article original es va publicar el 10 de juny de 2012 Nat. Chem. Biol. 8 , 655–660 (2012); publicat en línia el 10 de juny de 2012; corregit després de la impressió el 21 de maig de 2013 En la versió d’aquest article publicat inicialment, Irina Krylova va ser reconeguda inadvertidament en lloc d’incloure-la a la llista d’autors. S'ha ed