Una avaluació completa a tot el genoma de la lesió hepàtica induïda per lapatinib produeix un senyal genètic únic centrat en l’al·lel de risc conegut hla-drb1 * 07: 01 | la revista farmacogenòmica

Una avaluació completa a tot el genoma de la lesió hepàtica induïda per lapatinib produeix un senyal genètic únic centrat en l’al·lel de risc conegut hla-drb1 * 07: 01 | la revista farmacogenòmica

Anonim

Temes

  • Estudi d’associació genètica

Resum

Lapatinib està associat a una baixa incidència de lesions hepàtiques greus. Investigacions anteriors han identificat i confirmat l’al·lel de classe II HLA-DRB1 * 07:01 per estar fortament associat a una lesió hepàtica induïda per lapatinib; tanmateix, el valor predictiu positiu moderat limita la seva utilitat clínica. Per avaluar si les variants genètiques addicionals situades dins del principal complex d’histocompatibilitat o en un altre lloc del genoma poden influir en el risc de lesions hepàtiques induïdes per lapatinib i, possiblement, conduir a una associació genètica amb qualitats predictives millorades, hem adoptat dos enfocaments: una associació a tot el genoma. estudi i un estudi de seqüenciació de tot el genoma. Aquesta avaluació no va revelar associacions addicionals que no fos l’associació anteriorment identificada per HLA-DRB1 * 07:01 . El present estudi representa l’avaluació genètica més completa de la lesió hepàtica induïda per fàrmacs (DILI) o la hipersensibilitat, i suggereix que la investigació de possibles associacions d’antígens leucòcits humans amb DILI i altres hipersensibilitats representa un primer pas important per comprendre el mecanisme d’aquests esdeveniments.

Introducció

Les elevacions anormals de la química hepàtica observades durant la teràpia farmacològica poden requerir l’interrupció del tractament i poden produir resultats clínics més pobres. La identificació de factors de risc per a aquests esdeveniments pot millorar la gestió de la seguretat i els resultats generals dels pacients. S'han detectat associacions robustes d'al·lels d'antigens leucòcits humans (HLA) per a una sèrie de successos adversos induïts per fàrmacs. 1 Per a abacavir 2 i carbamazepine, 3 d' aquestes associacions s'han traduït en la gestió clínica de la seguretat utilitzant un cribratge específic d'al·lel HLA per identificar pacients amb més risc de reaccions d'hipersensibilitat severs com a conseqüència de rebre el fàrmac. A més, s’han relacionat al·lels específics de HLA amb lesions hepàtiques induïdes per fàrmacs (DILI) per a una gamma de medicaments àmpliament utilitzats, inclosos els antibiòtics, la flucloxacilina 4 i l’àcid amoxicil·lina-clavulànica. 5 A més, DILI ha provocat la retirada de medicaments del mercat amb la finalització dels seus programes de desenvolupament, inclosos ximelagatran 6 i lumiracoxib. 7 Una altra anàlisi de la lesió hepàtica induïda per l’àcid amoxicil·lina-clavulànica ha suggerit associacions addicionals amb gens no relacionats amb la immunitat relacionats amb la immunitat. 5

Lapatinib (Tykerb / Tyverb, GlaxoSmithKline), un receptor 2 del factor de creixement epidèrmic humà i un inhibidor del receptor del factor de creixement epidèrmic, està aprovat per a l'administració en combinació amb altres agents de quimioteràpia dirigits per al tractament de pacients amb càncer de mama avançat o metastàtic els tumors del qual sobreexpressen l'epidermia humana. receptor 2 del factor de creixement i que han rebut teràpia contra el càncer, inclosos l’antraciclina, un taxà i un trastuzumab. Tot i que una àmplia experiència clínica mostra un perfil de seguretat acceptable, lapatinib s’ha associat a lesions hepàtiques i a una baixa incidència dels criteris de terminologia comuna de l’Institut Nacional del Càncer per a esdeveniments adversos de l’alanina aminotransferasa (ALT) de grau 3 de grau aïllat (3%) i potencialment concurrent que pot perillar la vida Elevació de l'ALT amb hiperbilirubinèmia (llei de Hy, 0, 6%). 8 Investigacions prèvies sobre pacients amb càncer de mama tractats amb lapatinib van trobar que l'al·lel de classe II HLA-DRB1 * 07: 01 (i DQA1 * 02: 01 , que es troba en un fort desequilibri) està associat a una lesió hepàtica induïda per lapatinib. Aquests resultats es van ampliar per mostrar l'associació d'aquest al·lel amb casos de llei de Hy induïts per lapatinib. 10 A més d’aquestes anàlisis retrospectives, aquesta associació es va validar de forma prospectiva en un assaig clínic aleatori, ben controlat i ben controlat, on el carro d’al·lel HLA-DRB1 * 07: 01 es va enriquir en casos d’elevació d’ALT de grau 3 de tractament. 11 Aquesta associació HLA de classe II implica mecanismes immunològics i identifica un subgrup de pacients amb un risc més elevat d’aquest esdeveniment de seguretat. La consciència d’aquestes troballes i la generalitzada disponibilitat de proves de HLA podrien donar suport a la gestió clínica de lesions hepàtiques durant el tractament amb lapatinib. No obstant això, malgrat la tipificació HLA-DRB1 * 07: 01 produint un valor predictiu negatiu alt, adequat per a la predicció de biomarcadors de seguretat, això va acompanyat d’un valor predictiu positiu moderat per identificar pacients amb més risc. 11 Això presenta limitacions en el seu ús com a biomarcador predictiu aplicat de forma potencial, ja que la majoria dels pacients al·lel-positius HLA-DRB1 * 07: 01 no experimentaran lesions hepàtiques durant un any de tractament i podran rebre beneficis de lapatinib per al tractament del seu càncer de pulmó.

És concebible que les variants genètiques addicionals situades dins del principal complex d'histocompatibilitat (MHC) o en un altre lloc del genoma puguin influir en el risc de lesions hepàtiques induïdes per lapatinib i potencialment conduir a una prova genètica amb qualitats predictius millorades. Per exemple, hi ha proves que a més d’una associació HLA , una variant en PTPN22 , un gen associat a una varietat de malalties autoimmunes, també està associada a una lesió hepàtica induïda per l’àcid amoxicil·lina-clavulànica. 5 Per abordar-ho, hem adoptat dos enfocaments: (i) un estudi d’associació d’àmplia genoma (GWAS), que avalua les variants genètiques comunes en un únic assaig clàssic de monoteràpia amb lapatinib monoteràpia de pacients prèviament tractats amb quimioteràpia per a l’epidermia humana en etapa inicial. càncer de mama receptor 2-positiu del factor de creixement (EGF105485, TEACH, NCT00374322) 11, 12 i (ii) un estudi de seqüenciació de genoma complet (WGS), avaluant variants genètiques comunes i rares en un nombre limitat de casos possibles de Hy i elevació extrema d’ALT. casos i controls coincidents identificats a partir d’assajos clínics múltiples. 10 Això representa una de les investigacions més detallades de la genètica d’un esdeveniment advers induït per fàrmacs fins ara.

Materials i mètodes

Pacients i assaigs clínics

EGF105485 (ENSENYAMENT: avaluació de Tykerb després de la quimioteràpia)

EGF105485 va ser un assaig de fase III controlat amb placebo, multicèntric, aleatori, on les dones amb càncer de mama precoç positiu receptor 2-positiu del factor de creixement epidèrmic humà van rebre diàriament lapatinib o placebo durant 12 mesos. 12 Un total de 3146 pacients van estar disponibles per a les anàlisis de seguretat de l’estudi TEACH: 1572 i 1574 pacients van ser aleatoritzats a lapatinib i placebo, respectivament, i van estar ben equilibrats per a les característiques basals. L’experiment farmacogenètic va incloure 1194 i 1259 pacients aleatoritzats a lapatinib i placebo, respectivament, que van consentir proporcionar una mostra de sang per a l’anàlisi farmacogenètica. Es va aïllar 11 ADN de sang sencera.

Per avaluar les variants genètiques a través del genoma per associar-se amb elevacions d’ALT, els punts finals de l’ALT, inclosos l’estat de control de casos mitjançant definicions d’anàlisi descrites anteriorment 9 i ALT màxim de tractament per permetre una major potència per detectar efectes genètics de mida menor. analitzat. Per a l’anàlisi quantitativa de trets, l’ALT màxim de tractament (expressat com a fracció del límit superior específic de laboratori (ULN)) es va derivar dels valors de l’inici del tractament amb lapatinib i fins a 30 dies després de l’última dosi del tractament amb lapatinib. Tots els valors es van transformar en registre (base 10) per tenir en compte la distribució altament variada d’aquesta mesura quantitativa i fer-la adequada per a l’adaptació de models paramètrics.

Possibles lleis de Hy i casos extrems d’ALT i controls coincidents

Per a la seva anàlisi, es va seleccionar la possible llei de Hy i casos extrems d’ALT durant el tractament amb lapatinib i els controls coincidents amb mostres farmacogenètiques consentides. Vint pacients de set assaigs clínics van ser identificats com a possibles casos de la Llei de Hy i van ser adjudicats per experts de l'hepatòleg com a 'probables' ( n = 13) o 'possibles' ( n = 6) DILI o 'informació inadequada' ( n = 1). 10 A més, es van identificar sis casos d’ALT extrems (> 10 × ULN) de EGF105485. Es van identificar possibles controls com a individus amb mesures basiques normals i de tractament de la química hepàtica en tractament de l'ALT i la bilirubina total, de 13 assajos clínics analitzats anteriorment. 9 Els casos de DILI es van identificar mitjançant informes adversos greus en assajos clínics en curs. En el moment de la concordança, alguns estudis que van proporcionar casos de DILI eren assajos clínics en curs, aleatoritzats i cegats, on encara no estaven disponibles les dades corresponents per identificar els controls coincidents. Si en un moment no hi havia un control adequat en un estudi alternatiu, aquests casos es van genotipar sense un control coincident. Els controls es van combinar amb casos valorant les següents variables d'interès: HLA-DQA1 * 02: 01 , HLA-DRB1 * 07: 01 , HLA-DQB1 * 02: 02 i TNXB (rs12153855) 9 i UGT1A1 * 28 (ref. 10 ) genotips, assaig clínic, país i ascendència genètica comparable (utilitzant components principals generats a partir de les dades disponibles del GWAS). Això va donar com a resultat que 19 casos ( n = 15 possibles Hy's i n = 4 ALT extrem) tenien assignat un control amb el millor ajustat i set casos sense controls adequats. Es van seleccionar un total de 26 casos i 19 controls coincidents per a anàlisis posteriors. Les anàlisis primàries es van realitzar en casos i es van combinar controls que van portar el conegut, validat biomarcador, HLA-DRB1 * 07: 01 per reduir la classificació errònia dels casos.

Tingueu en compte que tots els casos extrems d'ALT ( n = 6) i alguns dels casos possibles de la Llei de Hy ( n = 5) seleccionats entre EGF105485 es van incloure tant en els estudis GWAS com WGS presentats aquí.

Química del fetge

Es van realitzar mesures de sèrum ALT, aspartate-aminotransferasa, bilirubina total i fosfatasa alcalina en diversos laboratoris. Els valors originals de laboratori es van convertir en els múltiples de ULN mitjançant la divisió per valors ULN específics de laboratori. La freqüència de les proves i control de la química hepàtica va ser variable en els assajos clínics.

Generació de dades

GWAS

Les dades SNP de GWAS es van generar per a tots els subjectes que van consentir l’anàlisi genètica mitjançant les matrius Illumina Human1M-Duo o les matrius Illumina HumanOmni1-Quad per BeadChip mitjançant Expression Analysis (Durham, NC, EUA). Laboratori Corporation (Burlington, NC, EUA) i Histogenètica (Ossining, NY, EUA) van ser realitzats en genotipatge clàssic de quatre dígits. UGT1A1 * 28 es va avaluar mitjançant l'anàlisi de fragments de GeneScan mitjançant la seqüenciació a GlaxoSmithKline (Filadèlfia, PA, EUA).

Les variants de gens candidats incloïen les quatre categories següents: (i) al·lels clàssics de HLA per a HLA-A, -B, -C, -DQA1, -DQB1, -DPB1 i -DRB1 , (ii) variants funcionals de gens DILI amb potencial metabolit lapatinib interacció ( ABCB11 i UGT1A1 ), (iii) variants funcionals del metabolisme de lapatinib i gens de disposició ( CYP3A4 , CYP3A5 , CYP2C8 , CYP2C19 , SLCO1B1 , ABCB1 , ABCG2 , NR1l2 i NR1l3 relacionats amb la malaltia autoimmuna P ). valors a nivells d’importància d’àmplia genoma de la literatura. 5 Les variants de les categories (ii) a (iv) estaven presents com a SNPs a la plataforma GWAS.

WGS

El WGS es va realitzar a BGI (Shenzhen, Xina). L’ADN es va fragmentar i es va seleccionar la mida per crear biblioteques de parells de bases 2 × 180 i biblioteques de 2 × 800 pb. Aquestes biblioteques van ser interrogades en un Illumina HiSeq 2000 per generar 90 lectures de parells de parells de bases. Per a cada mostra es van generar ~ 100 bases de dades de seqüència, amb la qual cosa es produeix almenys 30 × cobertura de seqüència. Es van generar genotips individuals en forma de fitxers de format de trucada variant alineant les lectures curtes a GRCh37 mitjançant Stampy 13 i es van anomenar variants mitjançant Platypus. 14 Totes les variants es van anotar mitjançant el Predictor de l'efecte variant desenvolupat per Ensembl. 15

Mètodes estadístics

La taula 1 resumeix les anàlisis realitzades.

Taula completa

GWAS

Per identificar variants genètiques comunes (freqüència menor d’al·lel (MAF)> 0, 5%) associades a l’elevació d’ALT en tractament a través del genoma, es van realitzar tant anàlisis de característiques quantitatives com de control de casos en tots els pacients del braç tractat amb lapatinib, sota un model genètic additiu, mitjançant regressió lineal o logística. Les anàlisis es van realitzar mitjançant el programari estadístic R. El conegut biomarcador, HLA-DRB1 * 07: 01 , està altament correlacionat amb HLA-DQA1 * 02: 01; No obstant això, amb l'objectiu d'aquest experiment, HLA-DRB1 * 07: 01 va ser escollit per al condicionament. L’anàlisi de regressió que s’ajustava al genotip HLA-DRB1 * 07: 01 es va realitzar per avaluar si les variants associades es devien a un desequilibri d’enllaç amb el biomarcador conegut. En totes les anàlisis es van ajustar els grans covariats, incloent l’edat, l’ALT basal i l’ascendència genètica (com a component principal 1-6 puntuacions obtingudes mitjançant dades de GWAS). Es van realitzar anàlisis de sensibilitat addicionals en subgrups blancs ( N = 775) i Àsia Oriental ( N = 236) definits per l’anàlisi de components per a trets quantitatius que s’ajustaven a l’edat i al basal ALT per comprovar la consistència dels millors resultats per raça.

Les anàlisis de HLA a la resolució de residus d'aminoàcids poden proporcionar una potència estadística addicional i una visió del mecanisme biològic en comparació amb l'anàlisi al nivell dels al·lels HLA clàssics i els SNP de la regió MHC. Seguint definicions estàndard per a seqüències d’al·lels HLA de la base de dades Immunogenètica HLA EMBL-EBI, 16 vam extreure les seqüències i residus d’aminoàcids per a cada al·lel clàssic de quatre dígits HLA observat. 17, 18 posicions d'aminoàcids multi-al·lèlics es van codificar com a múltiples aminoàcids di-al·lèlics, cadascun corresponent a un aminoàcid específic. L'anàlisi d'associació per a cada aminoàcid di-al·lèlic s'ha dut a terme mitjançant el mateix mètode d'anàlisi d'associació que per al SNP bi-al·lèlic.

Per a la declaració d'importància estadística a tot l'experiment, es van aplicar criteris de llindar Bonferroni 1 × 10 −4 (0, 05 / 500) i 5 × 10 −8 (0, 05 / 1 000 000) als resultats del gen candidat i dels resultats GWAS, reflectint el nombre de variants provades., respectivament.

WGS

Per reduir la pèrdua de potència per classificació errònia dels casos, l’anàlisi principal només es va limitar als transportistes HLA-DRB1 * 07: 01 . Es van realitzar anàlisis de sensibilitat addicionals utilitzant només els cinc casos amb ALT> 20 × ULN i bilirrubina total> 2 × ULN, una definició molt més estricta. Com que totes les anàlisis estadístiques es limitaven als transportistes HLA-DRB1 * 07: 01 , qualsevol associació identificada seria independent del conegut biomarcador HLA. Per evitar encaixar massa paràmetres, amb una mida de mostra tan reduïda, cap de les anàlisis es va ajustar a covariades en un primer moment, cosa que va resultar en un test generalment liberal. Qualsevol resultat estadísticament interessant ( P <1 × 10 −7 ) hauria estat interrogat més endavant inspeccionant les distribucions de factors clau com ara l'edat i les puntuacions dels components principals genètics.

Totes les variants, incloses les SNP i petites insercions i supressions (indels), amb quatre o més còpies observades, es van analitzar de forma simultània per associar-se amb lesions hepàtiques mitjançant la prova exacta de Fisher. En l'anàlisi dels 32 operadors HLA (19 casos i 13 controls) correspon incloure totes les variants amb una mostra MAF> 6%. A més de les proves d'una sola variant per a variants comunes en aquesta mostra, hem realitzat proves a tot el gen sobre les variants més rares. Dins de cada gen, es van agregar tres classes de variants amb menys de quatre còpies, segons la creença creixent en la probabilitat d’impacte funcional: (i) totes les variants exòniques i les variants intròniques anotades per residir en un lloc empalmador o per ser altament conservades, ( ii) totes les variants no sinònimes i (iii) les previsions que probablement siguin "probablement perjudicials" per Polyphen-2 (ref. 19) i / o "perjudicials" per SIFT (Sorting Intolerant From Tolerant, una eina per predir si un amino- la substitució d’àcids afecta la funció proteica). 20 Per a cada prova agregada, es van explorar tres mètodes estadístics: (i) prova de càrrega, (ii) prova de càrrega ponderada amb freqüència i (iii) prova c-alfa (vegeu informació suplementària per a més detalls). Amb totes les proves, per evitar la violació de supòsits asimptòtics a causa de la petita mida de la mostra, es va utilitzar la permutació per generar valors P. La suite de programari PLINK / SEQ (//pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/, //atgu.mgh.harvard.edu/plinkseq/) es va utilitzar per realitzar totes les proves estadístiques a les dades del WGS.

Resultats

GWAS

Es van genotipar amb èxit 1 085 881 SNP GWAS i van ser polimòrfics en la mostra actual, entre els quals van ser habituals 1 010 443 (93%) (MAF> 0, 5%). Les variants de gen candidats incloïen l’al·lel UGT1A1 * 28 , 216 SNP comuns de GWAS i 478 al·lels clàssics de 4 dígits HLA (248 al·lels amb MAF> 0, 5%). Un total de variants d'aminoàcids polimòrfics de HLA de 1967 a 1411 posicions polimòrfiques úniques es van identificar basats en tipus d'al·lels clàssics HLA, on 1349 (69%) aminoàcids van ser comunes en les dades analitzades.

En les anàlisis de control de casos ALT, només les variants a la regió MHC eren estadísticament significatives (Figura 1a, HLA-DRB1 * 07: 01 , P = 7, 8 × 10 −11 ). No obstant això, no hi va haver cap associació estadísticament significativa quan es va condicionar el transport HLA-DRB1 * 07: 01 (figura suplementària 1a). Després del condicionament del transport HLA-DRB1 * 07: 01 , no hi ha un enriquiment dels resultats d'associació per sobre del que s'esperaria en la distribució nul·la (figura suplementària 2).

Image

Anàlisis d'associació a tot el genoma de ( a ) casos i controls i ( b ) ALT màxim de tractament. La línia vermella guionada indica el llindar de significat ajustat per Bonferroni (5 × 10 −8 ).

Imatge a mida completa

  • Descarregueu la diapositiva de PowerPoint

En l'anàlisi de l'ALT com a tret quantitatiu, de nou només les variants genètiques a la regió MHC eren estadísticament significatives (Figura 1b, HLA-DRB1 * 07: 01 , P = 2, 0 × 10 -18 ). Al condicionar el transport HLA-DRB1 * 07: 01 , una variant intrònica a TPD52 (rs7828135, MAF = 5%, P = 4, 5 × 10 −8 ) va passar el llindar de significació GWAS predefinit (figura suplementària 1b) i HLA-DQA1 * 03: 03 (MAF = 6%, P = 6, 5 × 10 −5 ) va passar el llindar de significació del gen candidat pre-especificat. Cap de les dues variants genètiques no es va mantenir estadísticament significativa en els nivells pre-especificats després del condicionament amb el transport HLA-DRB1 * 07: 01 en les anàlisis de casos. Les anàlisis de sensibilitat dins dels subgrups d’Àsia Blanca i d’Àsia Oriental definits per l’anàlisi de components mostren efectes similars per a aquestes variants superiors (figura suplementària 3).

L'anàlisi combinada dels SNP de GWAS, els al·lels HLA i els aminoàcids HLA derivats va demostrar que el senyal d'associació es centra al voltant del biomarcador HLA-DRB1 * 07:01 validat anteriorment (Figura Suplementària 4). Per intentar discriminar la funcionalitat entre els al·lels correlacionats, es va realitzar una anàlisi de regressió dels aminoàcids i es van identificar diversos aminoàcids amb associacions estadístiques equivalents. Entre els aminoàcids més fortament associats, diversos es troben dins de la butxaca d’unió a l’antigen de HLA-DRB1 (figura 2a), en comparació amb cap dels que es troben dins de la butxaca d’unió a l’antigen de HLA-DQA1 (figura 2b). No vam veure cap evidència d'una associació amb aminoàcids específics de HLA-DQB1 dins o fora de la butxaca del domini que s'uneix a l'antigen (figura 2c).

Image

Associació d'aminoàcids HLA amb ALT màxim de tractament per a ( a ) HLA-DRB1 , ( b ) HLA-DQA1 i ( c ) HLA-DQB1. Els aminoàcids es diferencien entre els que es troben dins i fora de la butxaca d’unió a l’antigen.

Imatge a mida completa

  • Descarregueu la diapositiva de PowerPoint

La revisió de l'especificitat vinculant de l'aminoàcid de butxaca i la formació d'heterodímer de DR i DQ suggereix que dos heterodímetres de HLA-DQ (DQ2.2 i DQ9.2) haurien de tenir en compte l'associació amb l'elevació d'ALT induïda per lapatinib, mentre que per a HLA- DR, un sol heterodímer (DR7) és suficient. 11 Aquests resultats donen suport al paper causant de HLA-DRB1 * 07: 01 en lesions hepàtiques induïdes per lapatinib.

WGS

Després de filtrar la falta, es van disposar 11 688 195 SNPs i 1 270 946 indels per analitzar els 45 subjectes.

Per a l'anàlisi d'associació entre portadors de HLA-DRB1 * 07:01 , es van analitzar individualment ~ 5, 7 milions de SNP i 653 000 indels amb quatre o més còpies observades.

No hi ha variants individuals analitzades que mostren una associació significativa estadísticament (Figura 3a). Tant la trama QQ per a 6, 4 milions de proves realitzades a tot el genoma, com per a un subconjunt de 44 000 proves realitzades a l'exome (figura suplementària 5), ​​on la nostra probabilitat prèvia de descobriment de variants causals és més alta, va mostrar menys proves amb valors P petits. del que s'esperava sota la nul·la distribució. Aquesta observació no va ser sorprenent, donada la petita mida de la mostra. L'anàlisi de sensibilitat en els casos i controls extrems tampoc no va produir variants estadísticament significatives (figura 3b). A més, vam revisar les dades de WGS dels cinc casos extrems per a variacions potencialment patogèniques, centrant-nos en variants associades a la resposta immune, al metabolisme dels fàrmacs i a lesions hepàtiques, a través del paquet de programari Angenuity Variant Analysis (Qiagen Redwood City, CA, EUA). A través d’aquest procés no es van identificar variants d’interès addicionals, fora dels gens HLA .

Image

Anàlisi de seqüències de tot el genoma en portadors HLA-DRB1 * 07:01 en ( a ) els 19 casos seqüenciats i ( b ) només els 5 casos més extrems enfront de 13 controls. Les línies vermelles guionades indiquen el llindar de significació de Bonferroni ( P = 8 × 10 −9 ). Les prediccions funcionals per a cada variant estan indicades per color i el tipus de variant per símbol, tal com es mostra a la figura.

Imatge a mida completa

  • Descarregueu la diapositiva de PowerPoint

Malgrat l’enorme nombre de proves, aquest experiment es va alimentar per trobar un biomarcador genètic perfecte de lesions hepàtiques que estaria present en tots els casos i cap dels controls. Una variant que discrimina perfectament els casos dels controls entre els operadors de HLA aconseguiria P = 2, 9 × 10 −9 sota la prova exacta de Fisher, i per tant assoliria una importància estadística (Taula suplementària 1). Com no hem vist aquest predictiu, podem concloure que és poc probable que existís dins de les regions del genoma seqüenciades amb èxit.

Discussió

Aquesta avaluació genètica completa ha donat lloc a un senyal clar: HLA-DRB1 * 07: 01 , associada a lesions hepàtiques induïdes per lapatinib. Aquesta associació HLA és coherent amb altres GWAS per a esdeveniments de seguretat relacionats amb la immunitat, on es capturen factors de risc genètics clau en la variació de HLA. 1, 21

Al GWAS, el senyal genètic centrat al voltant de HLA-DRB1 * 07: 01 seguia sent l’associació més forta. Els resultats moderadament significatius de dues variants genètiques trobades en les anàlisis de característiques quantitatives condicionals no van ser significatius en les anàlisis de control de casos i no es van deixar predictors clínicament útils, sense que es produís un augment substancial dels valors predictius positius del biomarcador conegut. Tot i que HLA-DRB1 * 07: 01 es troba en un fort desequilibri d’enllaç amb altres variants genètiques a la regió MHC, els resultats de la investigació de la formació d’heterodímer HLA i la revisió de l’especificitat de l’aminoàcid de butxaca vinculant suggereixen que HLA-DRB1 * 07: 01 és el més probable al·lel causal. Es va disposar d’energia raonable per detectar associacions genètiques amb una mida d’efecte raonable en les anàlisis GWAS quantitatives (figura suplementària 6) i control de casos (figura suplementària 7). Petits efectes genètics que podrien haver estat sotmesos a aquest estudi i, posteriorment, no detectats, no haurien tingut com a resultat un impacte significatiu en la millora de la utilitat clínica.

L’experiment WGS addicional va afegir poc valor, si s’escau, a les conclusions generals. No es van identificar variants rares addicionals que fossin significatives estadísticament o que tinguessin una raó biològica forta. A més, tenint en compte els reptes d’interrogar la regió MHC utilitzant amb precisió les dades WGS, 22 i l’oportunitat d’imputar amb precisió genotips de HLA mitjançant dades de GWAS, 23 es podria argumentar que l’enfocament GWAS és més probable que identifiquin variants potencials de MHC que els enfocaments WGS, qüestionant-se. el valor afegit d’utilitzar WGS i seqüenciació d’exoma complet per investigar esdeveniments adversos relativament comuns, com s’ha proposat recentment, 24 sobre l’ús de les matrius tradicionals de GWAS.

Centrant-nos en la utilitat clínica de HLA-DRB1 * 07: 01 , l’elevat valor predictiu negatiu del marcador i el valor predictiu positiu moderat, 11 descriuen com essencialment totes les persones que experimenten lesions hepàtiques induïdes per lapatinib greus porten aquest biomarcador, però la majoria de portadors de biomarcadors. no desenvolupar lesions hepàtiques greus. Això suggereix que pot haver-hi desencadenants o agents addicionals que contribueixin a aquest esdeveniment de seguretat i sigui coherent amb altres associacions de HLA relacionades amb la hipersensibilitat induïda per fàrmacs. 1, 21 Tot i que aquesta avaluació genètica completa d’un esdeveniment relativament comú ha descartat la possibilitat que existeixi un efecte gran i clínicament significatiu, encara poden existir factors genètics rars addicionals de mida d’efecte menor que afectin la biologia d’aquest esdeveniment, però no significarien significativament. millorar la utilitat clínica. A més, poden existir components addicionals no genètics que determinin la propensió a produir aquest esdeveniment advers entre els pacients portadors d'al·lel amb HLA-DRB1 * 07: 01 . 21

La present avaluació genètica completa no va donar cap predictiu genètic addicional per permetre una predicció de risc clínica millorada. Tot i això, l’associació única i robusta d’ HLA-DRB1 * 07: 01 proporciona una visió important del mecanisme d’acció d’aquest esdeveniment de seguretat i representa un primer pas important per comprendre el mecanisme d’aquests esdeveniments. Com a resultat d'aquesta avaluació genètica completa, és poc probable que altres experiments d'identificació de marcadors genètics siguin fructífers i suggereixen que els futurs treballs haurien de centrar-se en la biologia de les cèl·lules immunes 25, 26 per determinar restriccions biològiques addicionals a l'activació immunològica i continuar la comprensió entorn del potencial clínic. utilitat d’aquest biomarcador conegut per a lesions hepàtiques induïdes per lapatinib.

Informació complementària

Documents de paraula

  1. 1.

    Informació complementària

Arxius d’imatges

  1. 1.

    Figura suplementària 1

  2. 2

    Figura complementària 2

  3. 3.

    Figura complementària 3

  4. 4.

    Figura suplementària 4

  5. 5.

    Figura suplementària 5

  6. 6.

    Figura suplementària 6

  7. 7.

    Figura suplementària 7

    La informació complementària acompanya el document al lloc web de la revista The Pharmacogenomics (//www.nature.com/tpj)