El diari isme (Abril 2020)

Respostes transcripcionals i antagòniques de Pseudomonas fluorescens Pf0-1 a competidors bacterians filogenèticament diferents

Respostes transcripcionals i antagòniques de Pseudomonas fluorescens Pf0-1 a competidors bacterians filogenèticament diferents

Temes Bactèries Ecologia comunitària Expressió gènica Ecologia microbiana Resum La capacitat dels bacteris del sòl per competir amb èxit amb una sèrie d’altres espècies microbianes és crucial per al seu creixement i supervivència en l’entorn del sòl limitat de nutrients. En el present treball, es va estudiar el comportament i les respostes transcripcionals de la soca fluorescenta Pseudomonas que habiten el sòl Pf0-1 en un àgar pobre en nutrients per a la confrontació amb soques de tres gèneres bacterians filogenèticament diferents, és a dir, Bacillus , Brevundimonas i Pedobacter . La competènci

Anàlisi metatranscriptòmica del bacterioplàncton marí recollit i conservat de forma autònoma

Anàlisi metatranscriptòmica del bacterioplàncton marí recollit i conservat de forma autònoma

Temes Expressió gènica Biooceanografia microbiana Transcriptòmica Resum L’activitat microbiana planctònica i l’estructura de la comunitat és dinàmica i pot canviar dràsticament en escales de temps d’hores a dies. Tot i així, per raons logístiques, aquesta escala temporal està normalment poc mostrada al medi marí. Per tal de faci

La composició de la comunitat microbiana en els sediments resisteix a les pertorbacions per l’enriquiment de nutrients

La composició de la comunitat microbiana en els sediments resisteix a les pertorbacions per l’enriquiment de nutrients

Temes Biodiversitat Biogeoquímica Ecologia dels ecosistemes Ecologia microbiana Resum S'espera que la redundància funcional en comunitats bacterianes permeti que els conjunts microbians sobrevisquin a les pertorbacions, permetent la continuïtat de la seva funció malgrat els canvis compositius en les comunitats. Le

Efectes dels tractaments mostrals sobre la recuperació del genoma mitjançant genòmica unicel·lular

Efectes dels tractaments mostrals sobre la recuperació del genoma mitjançant genòmica unicel·lular

Temes Genòmica bacteriana Metagenòmica Resum La genòmica unicel·lular és una potent eina per accedir a la informació genètica de microorganismes no cultivats. Els mètodes de maneig de mostres abans de l'amplificació genòmica d'un sol ús poden afectar la qualitat dels genomes obtinguts. Utilitzan

Els virus s’acumulen en centres d’infecció per envelliment d’un patogen forestal fong

Els virus s’acumulen en centres d’infecció per envelliment d’un patogen forestal fong

Temes Ecologia microbiana El 20 de gener de 2015 es va publicar un corrector a aquest article Aquest article s'ha actualitzat Resum Es creu que els virus de fongs (micovirus) amb genomes d’ARN tenen manca de partícules infeccioses extracel·lulars. Aquests virus es transmeten lateralment entre les soques de fongs mitjançant anastomoses micel·lials o verticalment a través de les seves espores infectades, però se sap ben poc sobre la seva prevalença i els seus patrons de dispersió en condicions naturals. Aquí, es

Els conjunts rics en espècies de tintínids (protistes planctònics marins) s’estructuren segons la mida de la boca

Els conjunts rics en espècies de tintínids (protistes planctònics marins) s’estructuren segons la mida de la boca

Temes Biodiversitat Ecologia microbiana Taxonomia Resum Molts tàxons microbians del plàncton marí semblen super-saturats en riquesa d'espècies. A continuació, es proporciona una explicació parcial mitjançant l'anàlisi de com s'organitzen les espècies, que s'empaqueten, tant en taxonomia com en morfologia. Ens vam

La connectivitat amb la superfície determina patrons de diversitat en aqüífers submarins de l’escut de Fennoscandia

La connectivitat amb la superfície determina patrons de diversitat en aqüífers submarins de l’escut de Fennoscandia

Temes Comunitats microbianes Xarxes ecològiques Ecologia microbiana L'article original es va publicar el 29 de març de 2016 Correcció a: The ISME Journal (2016) 10, XX – XX; doi: 10.1038 / ismej.2016.36 Actualitzat en línia el 9 de juny de 2016: Aquest article es va publicar originalment amb la llicència de publicació de NPG, però ara s’ha fet disponible sota una llicència CC BY-NC-ND 4.0. Les vers

Semblances i variacions estacionals en comunitats bacterianes a partir de la sang dels rosegadors i dels seus vectors de puça

Semblances i variacions estacionals en comunitats bacterianes a partir de la sang dels rosegadors i dels seus vectors de puça

Temes Ecologia comunitària Resum Els microbis transmissors vectorials estan subjectes a les restriccions ecològiques de dos microambients diferents: el del vector dels artròpodes i el de la sang del seu vertebrat. Atès que l'estructura de les comunitats bacterianes en aquests dos microambients pot afectar substancialment l'abundància de microbis transmissors de vectors, és important comprendre la relació entre les comunitats bacterianes tant en els microambients com en els determinants que els configuren. Es va

Fenologia dels bacteris pelàgics d’alta elevació: els papers de la variabilitat meteorològica, els inputs de captació i l’estratificació tèrmica en les estructures de les comunitats

Fenologia dels bacteris pelàgics d’alta elevació: els papers de la variabilitat meteorològica, els inputs de captació i l’estratificació tèrmica en les estructures de les comunitats

Resum Moltes comunitats eucariotes presenten estacionalitat previsible en la composició d'espècies, però aquests patrons fenològics no estan ben documentats en comunitats bacterianes. Aquest estudi va quantificar la variació estacional de la composició comunitària del bacterioplàncton en un llac d'alta elevació a la Sierra Nevada de Califòrnia durant un període de tres anys del 2004-2006. El bacter

Respostes transcripcionals induïdes a la llum associades amb un creixement millorat amb proteorhodopsina en un flavobacteri marí

Respostes transcripcionals induïdes a la llum associades amb un creixement millorat amb proteorhodopsina en un flavobacteri marí

Temes Biooceanografia microbiana Ecologia microbiana Fotobiologia Transcriptòmica Resum La proteorhodopsina (PR) és una fotoproteïna que funciona com a bomba de protons impulsada per la llum en diverses bacteries i arqueus marins. Estudis recents han suggerit que la PR pot millorar tant la taxa de creixement com el rendiment en alguns flavobacteris quan es cultiven en condicions de limitació de nutrients a la llum. No

Els coralls vessen bacteris com a mecanisme potencial de resiliència a l’enriquiment de matèries orgàniques

Els coralls vessen bacteris com a mecanisme potencial de resiliència a l’enriquiment de matèries orgàniques

Resum Comprendre els mecanismes de resiliència dels esculls de corall amb estressors antropogènics és un pas crític per mitigar el seu declivi global actual. Les associacions de corall-bacteris són fonamentals per a la salut i la malaltia dels esculls, però les observacions directes d’aquestes interaccions queden en gran mesura inexplorades. Aquí,

Detecció i enumeració discriminatòria de la vida microbiana en sediments subterranis marins

Detecció i enumeració discriminatòria de la vida microbiana en sediments subterranis marins

Resum La detecció i l'enumeració de la vida microbiana en entorns naturals proporcionen informació fonamental sobre l'extensió de la biosfera a la Terra. Tot i això, fa temps que és difícil avaluar l’abundància de cèl·lules microbianes en hàbitats sedimentaris perquè la unió no específica de colorants fluorescents i / o auto-fluorescència de partícules de sediment dificulta fortament el reconeixement de senyals derivades de les cèl·lules. A continuació, mos

Els microorganismes persisteixen a profunditats rècord en el fons subterrani de la conca de Canterbury

Els microorganismes persisteixen a profunditats rècord en el fons subterrani de la conca de Canterbury

Temes Biooceanografia Ecologia microbiana L'article original es va publicar el 16 de gener de 2014 Correcció a: The ISME Journal (2014) 8 , 1370–1380; doi: 10.1038 / ismej.2013.250; publicat en línia el 16 de gener de 2014 Des de la publicació d’aquest article, ha arribat a l’atenció dels autors que el número d’adhesió a l’estudi dipositat a l’Arxiu de lectura de seqüències s’ha omès de l’article. El número d’adhesió a l

Un nínxol de replicació intracel·lular de Vibrio cholerae a l'amoeba Acanthamoeba castellanii

Un nínxol de replicació intracel·lular de Vibrio cholerae a l'amoeba Acanthamoeba castellanii

Temes Bacteriologia Microbiologia de l’aigua Resum Vibrio cholerae és un patogen humà i l’agent causant del còlera. La persistència d’aquest bacteri en ambients aquàtics és una preocupació epidemiològica clau, ja que el còlera es transmet a través de l’aigua contaminada. Els protistes depredadors, com les ameba, són reguladors principals de les poblacions de bacteris en aquests ambients. Per tant, es va i

Diversitat bacteriana en relació amb la producció i la successió secundàries en superfícies de la llàmer hiperborea d'alga

Diversitat bacteriana en relació amb la producció i la successió secundàries en superfícies de la llàmer hiperborea d'alga

Temes Secreció bacteriana Biodiversitat Ecologia forestal Ecologia microbiana Resum Els boscos de Kelp a tot el món són coneguts com a punts d’abast per a la biodiversitat macroscòpica i la producció primària, però es coneix molt poc sobre la biodiversitat i el paper dels microorganismes en aquests ecosistemes. La prod

Diversitat i anàlisi funcional de gens luxS en Vibrios a partir d’esponges marines Mycale laxissima i Ircinia strobilina

Diversitat i anàlisi funcional de gens luxS en Vibrios a partir d’esponges marines Mycale laxissima i Ircinia strobilina

Temes Biodiversitat Biooceanografia microbiana Ecologia microbiana Simbiosi Resum Les esponges alberguen comunitats microbianes molt diverses i denses, proporcionant un entorn en el qual la senyalització bacteriana pot ser important. La detecció de quòrum (QS) és un procés de senyalització que depèn de la densitat cel·lular que els bacteris utilitzen per coordinar i regular la seva expressió gènica. Estudis

Metabolisme a nivell de sistemes de la flora alterada de Schaedler, una microbiota intestinal completa

Metabolisme a nivell de sistemes de la flora alterada de Schaedler, una microbiota intestinal completa

Temes Bactèries Comunitats microbianes Resum La flora alterada de Schaedler (ASF) és una comunitat microbiana model amb rellevància in vivo i in vitro . Aquí proporcionem la primera caracterització de la comunitat ASF in vitro , independent d’un host murí. Hem comparat el contingut genètic funcional de l’ASF amb metagenomes murins salvatges i hem trobat que l’ASF representa funcionalment microbiomes salvatges millor que els consorcis aleatoris de composició taxonòmica similar. Hem desenvolu

Bacteris heteròtrofs fixadors de nitrogen actius a la quimioclina del mar Bàltic i per sota

Bacteris heteròtrofs fixadors de nitrogen actius a la quimioclina del mar Bàltic i per sota

Temes Biooceanografia Ecologia microbiana Resum El Mar Bàltic rep grans aportacions de nitrogen mitjançant cianobacteri heterocistós diazotròfic (amb fixació de N 2 ), però no s'ha estudiat la importància de la fixació de N2 heteròtrofa. Aquí es va examinar la diversitat, l’abundància i la transcripció del fragment nifH de l’enzim nitrogenasa en dues conques del mar Bàltic pròpiament dites. La fixació de N

Estudis fisiològics i evolutius dels sistemes NAP en Shewanella piezotolerans WP3

Estudis fisiològics i evolutius dels sistemes NAP en Shewanella piezotolerans WP3

Temes Evolució bacteriana Gens bacterians Fisiologia bacteriana Resum La majoria de les espècies de Shewanella contenen dos reductases de nitrat periplàsmic (NAP-α i NAP-β), que és una característica única d’aquest gènere. En el present estudi, es va estudiar la funció fisiològica i la relació evolutiva dels dos sistemes NAP al bacteri Shewanella piezotolerans WP3. Es va demost

Més diversitat i abundància de microorganismes denitrificants en ambients de la considerada anteriorment

Més diversitat i abundància de microorganismes denitrificants en ambients de la considerada anteriorment

Temes Microbiologia del sòl Resum La desnitrificació és un procés important en el cicle global del nitrogen. Els gens que codifiquen NirK i NirS (nirK i nirS), que catalitzen la reducció del nitrit a l’òxid nítric, s’han utilitzat com a gens marcadors per estudiar el comportament ecològic dels desnitrificadors en ambients. No obstant

El mostreig resolt espacialment revela comunitats microbianes dinàmiques en l'augment del plomatge hidrotermal a través d'una conca posterior

El mostreig resolt espacialment revela comunitats microbianes dinàmiques en l'augment del plomatge hidrotermal a través d'una conca posterior

Temes Biogeoquímica Ecologia microbiana Resum Dins els plomatges hidrotèrmics, els processos quimiosintètics i les interaccions microbiana i mineral condueixen la productivitat primària a les xarxes d'aliments profunds dels oceans i poden influir en el transport d'elements com el ferro. Tanmateix, la font de microorganismes dels plomalls i els factors que regeixen com es col·loquen aquestes comunitats són poc entesos, en part per la manca de dades de les primeres etapes de la formació del plomall. En aq

La conversa creuada mediada a la senyalització modula la formació d'eixam i biofilm en un patogen de coral Serratia marcescens

La conversa creuada mediada a la senyalització modula la formació d'eixam i biofilm en un patogen de coral Serratia marcescens

Temes Comportament dels animals Bactèries Biooceanografia microbiana Simbiosi Resum Les interaccions dins de les comunitats microbianes associades a holobionts marins contribueixen de manera important a la salut d’aquests organismes simbiòtics formats per invertebrats, dinoflagelats i bacteris. Tot i això, els mecanismes que controlen la microbiota associada a invertebrats encara no s’entenen del tot. Els c

Prostaglandines similars a animals en microalgues marines

Prostaglandines similars a animals en microalgues marines

Temes Ecologia molecular Transcriptòmica Resum Les diatomees es troben entre els productors primaris amb més èxit en entorns oceànics i d’aigua dolça. Derivats d’un esdeveniment endosimbiòtic secundari, les diatomees tenen un genoma mixt que conté gens bacterians, animals i vegetals que codifiquen vies metabòliques que poden tenir en compte el seu èxit evolutiu. Estudiant e

Estacionalitat marcada i alta variabilitat espacial de les comunitats protistes en sistemes d’aigua dolça poc profunda

Estacionalitat marcada i alta variabilitat espacial de les comunitats protistes en sistemes d’aigua dolça poc profunda

Temes Microbiologia de l’aigua Resum Els petits eucariotes tenen un paper fonamental en els ecosistemes aquàtics, influint en el seu entorn local, els cicles biogeoquímics globals i el clima. El seu impacte depèn de l'estructura de la comunitat, que varia al llarg del temps. Tot i això, molt pocs estudis tenen en compte la variació temporal. Això

Comunitats de fongs procedents de sediments marins de fons de mar profunds portadors d’hidrats de metà al mar de la Xina del Sud

Comunitats de fongs procedents de sediments marins de fons de mar profunds portadors d’hidrats de metà al mar de la Xina del Sud

Resum Per dilucidar la diversitat de fongs en els sediments marins profunds portadors d’hidrats d’hidrat de metà al mar de la Xina del Sud, es van amplificar i analitzar filogenèticament les regions d’espaiador transcrit intern (ITS) de gèneres de rRNA de cinc mostres d’ADN de sediments diferents. Es van co

Hi ha comunitats procariotes molt estructurades dins de l’esquelet de les colònies de corall

Hi ha comunitats procariotes molt estructurades dins de l’esquelet de les colònies de corall

Temes Biodiversitat Microbiologia ambiental Ecologia microbiana Microbioma Resum El rendiment fisiològic, la malaltia i la prevalença de blanqueig són sovint incomparables dins de les colònies de coralls individuals. Aquestes respostes estan influenciades en gran mesura pels microbis associats al corall, però com abans no es va quantificar el microbioma corall a petites escales espacials. Es

Empremta metabòlica de bacteris epifits a les fulles d'Arabidopsis thaliana

Empremta metabòlica de bacteris epifits a les fulles d'Arabidopsis thaliana

Temes Arabidopsis thaliana Metabolòmica Ecologia microbiana Fisiologia vegetal Resum La filosfera, que es defineix com les parts de les plantes terrestres per sobre del sòl, és un hàbitat ampli per a diferents microorganismes que mostren una gran adaptació al seu entorn. Diversos hipòtesis es van generar mitjançant estudis de genòmica funcional independents de la cultura per explicar la competitivitat de bacteris especialitzats en la fitosfera. En can

Diversitat metabòlica inusual de comunitats microbianes hiperalkalifíliques associades a la serpentinització subterrània a The Cedars

Diversitat metabòlica inusual de comunitats microbianes hiperalkalifíliques associades a la serpentinització subterrània a The Cedars

Temes Biodiversitat Biogeoquímica Resum L’aigua de The Springs Cedars que descarrega de roques ultramafiques serpentinitzades presenta unes condicions altament bàsiques (pH = ~ 12), reduint altament les condicions ( E h <-550 mV) amb baixes concentracions iòniques. Aquestes condicions fan que les primaveres siguin un repte excepcional per a la vida. Aqu

Els haptòfits mixotròfics són pasturadors bacterians claus a les aigües costaneres oligotròfiques

Els haptòfits mixotròfics són pasturadors bacterians claus a les aigües costaneres oligotròfiques

Temes Biooceanografia Ecologia microbiana Resum Les estimacions de la taxa de pastura indiquen que aproximadament la meitat del bacteri en els oceans oligotròfics es deu a flagelats mixotròfics (MFs). Tot i això, la majoria d’estimacions han considerat les algues com un sol grup. Aquí ens vam proposar obrir la caixa negra dels fitoflagel·lats (PFs) <20 μm. Es van

Tolerància a l'estrès en plantes mitjançant simbiosi adaptada a l'hàbitat

Tolerància a l'estrès en plantes mitjançant simbiosi adaptada a l'hàbitat

Resum Demostrem que les espècies d’herba autòctona d’hàbitats costaners i geotèrmics requereixen endòfits fúngics simbiòtics per a la tolerància de sal i calor, respectivament. La tolerància a l'estrès conferida simbiòticament és un fenomen específic de l'hàbitat amb els endòfits geotèrmics que confereixen la tolerància a la calor però no a la sal i els endòfits costers que confereixen sal, però no la tolerància a la calor. Les mateixes espècies d

La comunitat fúngica que es troba en descomposició de la fullaraca experimenta canvis successius ràpids

La comunitat fúngica que es troba en descomposició de la fullaraca experimenta canvis successius ràpids

Temes Ecologia dels ecosistemes Ecologia forestal Ecologia de fongs Resum Es considera que els fongs són els descomponedors principals de la biomassa vegetal morta als ecosistemes terrestres. Tanmateix, els coneixements actuals sobre els canvis successius en les comunitats de fongs durant la descomposició de la brossa són limitats. A

Els bacteris que contenen magnososomes viuen com a simbionts dels bivalves

Els bacteris que contenen magnososomes viuen com a simbionts dels bivalves

Temes Metagenòmica Simbiosi Resum Les bactèries que contenen magnetosomes (nanopartícules unides a proteïnes de magnetita o greigita) són comunes a molts hàbitats sedimentaris, però mai no s’han trobat abans que visquessin dins d’un altre organisme. Aquí, mostrem que les inclusions octaèdriques en els simbionts extracel·lulars del bivalve marí Thyasira cf. Els gouldi co

L’anàlisi a fons de les xarxes de bacteris marines suggereix la propagació a la baixa dels canvis temporals

L’anàlisi a fons de les xarxes de bacteris marines suggereix la propagació a la baixa dels canvis temporals

Temes Ecologia microbiana Resum Es creu que les interaccions entre els microbis i l'estratificació a través de les profunditats són impulsors importants de les comunitats microbianes, tot i que se sap poc sobre com es diferencien les associacions microbianes entre i a través de les profunditats. He

Muntatge dirigit d’un quòrum bacterià

Muntatge dirigit d’un quòrum bacterià

Temes Microbiologia aplicada Resum Molts informes han dilucidat els mecanismes i conseqüències de la detecció de quòrum bacteriana (QS), un sistema de comunicació molecular mitjançant el qual les cèl·lules bacterianes enumeren la seva densitat cel·lular i organitzen el comportament col·lectiu. Tanmatei

Biodisponibilitat del ferro al fitoplàncton: un enfocament empíric

Biodisponibilitat del ferro al fitoplàncton: un enfocament empíric

Temes Biooceanografia Ecologia microbiana Resum El fitoplàncton sovint està limitat pel ferro en ambients aquàtics. Aquí examinem la biodisponibilitat de Fe al fitoplàncton analitzant la captació de ferro de diversos substrats de Fe per diverses espècies de fitoplàncton cultivades en condicions de limitació de Fe i comparant les constants de velocitat de captació mesurades (taxa de captació de Fe / concentració de substrat). Quan s’uti

L’antagonisme influeix en l’assemblea d’un gremi de Bacillus en una comunitat local i es representa com una xarxa de cadenes alimentàries

L’antagonisme influeix en l’assemblea d’un gremi de Bacillus en una comunitat local i es representa com una xarxa de cadenes alimentàries

Temes Bactèries Webs d’aliments Resum Comprendre els principis que regeixen els conjunts comunitaris és un objectiu central de l’ecologia. Hi ha evidències experimentals limitades en entorns naturals que demostren que el conjunt microbià de les comunitats està influït per interaccions antagòniques. Per tant,

La genòmica comparativa de dos ecotips del copiotròfic marítim planctònic Alteromonas macleodii suggereix estils de vida alternatius associats a diferents tipus de matèria orgànica particulada

La genòmica comparativa de dos ecotips del copiotròfic marítim planctònic Alteromonas macleodii suggereix estils de vida alternatius associats a diferents tipus de matèria orgànica particulada

Resum L’Alteromonas macleodii és un γ-proteobacterium heterotròfic marí. S'aïlla d'aquest grup de microbis mitjançant anàlisi molecular en dos grups genotípics o ecotips principals, un que es troba en latituds temperades a la columna superior d'aigua i un altre que es troba principalment a la columna d'aigües profundes del Mediterrani. Aquí, des

Els productors de rizobitoxina guanyen més poli-3-hidroxibutirat en simbiosi que la rizobia competidora, però redueixen el creixement vegetal

Els productors de rizobitoxina guanyen més poli-3-hidroxibutirat en simbiosi que la rizobia competidora, però redueixen el creixement vegetal

Resum Les sancions als llegums contra la rizobia que fixen menys nitrogen han d'exercir una forta selecció de genotips de rizobia més beneficiosos, però són freqüents les soques que aporten poc benefici per a l'amfitrió. Una de les raons pot ser que alguna rizobia manipuli químicament l’hoste, perjudicant l’eficàcia de les sancions. Aquí mostr

Els dispersants químics milloren l'activitat de bacteris marins que degraden el condensat de petroli i gas

Els dispersants químics milloren l'activitat de bacteris marins que degraden el condensat de petroli i gas

Temes Metagenòmica Ecologia microbiana Seqüenciació de nova generació Transcriptòmica Resum L’aplicació de dispersants químics a vessaments de petroli al medi marí és una pràctica habitual per dispersar el petroli a la columna d’aigua i estimular la biodegradació del petroli augmentant la seva biodisponibilitat davant de bacteris indígenes capaços de metabolitzar els hidrocarburs naturalment. En el marc d’un

Els bacteris actius de nucleació de gel en les precipitacions són genèticament diversos i nucleen el gel mitjançant diferents mecanismes

Els bacteris actius de nucleació de gel en les precipitacions són genèticament diversos i nucleen el gel mitjançant diferents mecanismes

Temes Microbiologia de l’aire Bacteriologia Biodiversitat Resum Un cos creixent d’evidències circumstancials suggereix que els bacteris actius de nucleació de gel (Ice + ) contribueixen a l’inici de la precipitació mitjançant la congelació heteròloga d’aigua super refrigerada als núvols. Tot i això, s

La infecció de Yersinia pestis i les condicions de laboratori alteren les comunitats bacterianes associades a les puces

La infecció de Yersinia pestis i les condicions de laboratori alteren les comunitats bacterianes associades a les puces

Temes Resposta de l'amfitrió bacteriana Infecció bacteriana Ecologia microbiana Resum Vam recollir Oropsylla montana d’esquirols de roca, Spermophilus varigatus i vam infectar un conjunt de puces recollides amb Yersinia pestis , l’agent etiològic de la plaga. Es va utilitzar pirosecució d'ADN marcada amb barres per caracteritzar les comunitats bacterianes de controls salvatges, desinfectats i les puces infectades. Les co

Característiques del genoma d'un llinatge bacteri marí generalista

Característiques del genoma d'un llinatge bacteri marí generalista

Temes Ecologia evolutiva Microbiologia marina Filogenòmica Resum Els membres del llinatge de Roseobacter marí s’han caracteritzat com a generalistes ecològics, cosa que suggereix que hi haurà reptes en l’assignació de rols ecològics i funcions bioeoquímiques ben delimitades al tàxon. Per solucionar aquest problema, es van analitzar seqüències del genoma de 32 aïllats de Roseobacter per a patrons en característiques del genoma, inventari de genes i distribució individual de genes / vies mitjançant tres marcs predictius: relació filogenètica, estratègia de vida i origen ambiental de l'aïllat.

La diversitat de protistes i bacteris determina el rendiment i l'estabilitat de la predació

La diversitat de protistes i bacteris determina el rendiment i l'estabilitat de la predació

Temes Bactèries Webs d’aliments Ecologia microbiana Resum La predació influeix en la diversitat i la productivitat de les preses alhora que efectua el flux i la reassignació de nutrients orgànics a la biomassa a nivells tròfics més elevats. Tanmateix, no se sap com els protists bacterívors estan influenciats per la diversitat de les seves preses bacterianes. Utilitz

Plasticitat fenotípica en comunitats microbianes marines heteròtrofes en cultius continus

Plasticitat fenotípica en comunitats microbianes marines heteròtrofes en cultius continus

Temes Ecologia microbiana Resum La plasticitat fenotípica (PP) és el desenvolupament de fenotips alternatius d’un determinat tàxon com a adaptació a les condicions ambientals. Les limitacions metodològiques han restringit la quantificació de PP a la mesura d’uns quants trets en organismes únics. Hem utili

El concepte del viroell i la microbiologia ambiental

El concepte del viroell i la microbiologia ambiental

Temes Microbiologia ambiental Virologia La gran remuntada de virus L'enumeració de partícules virals en mostres ambientals mitjançant microscòpia electrònica de fluorescència i microscòpia electrònica de transmissió ha suggerit que els virus representen les entitats biològiques més abundants del nostre planeta. A més, le

Abundància, composició, diversitat i novetat dels proteobacteris del sòl

Abundància, composició, diversitat i novetat dels proteobacteris del sòl

Resum Les petites enquestes de genes de ARNr de subunitat (16S) que generen clons de ARNr de 16S a llarg termini completes ofereixen una oportunitat única per a anàlisis filogenètiques en profunditat per destacar l'amplitud de la diversitat de les principals fílies bacterianes trobades al sòl. Aqu

Els enllaços entre les comunitats vegetals i fongs a través d’una cronoseqüència de desforestació a la selva amazònica

Els enllaços entre les comunitats vegetals i fongs a través d’una cronoseqüència de desforestació a la selva amazònica

Temes Biodiversitat Ecologia comunitària Ecologia de fongs Ecologia vegetal El 24 de juny de 2014 es va publicar un correcció a aquest article Aquest article s'ha actualitzat Resum Comprendre les interaccions entre les comunitats microbianes, les comunitats vegetals i les propietats del sòl després de la desforestació podria proporcionar informació sobre els efectes a llarg termini del canvi d’ús del sòl sobre les funcions dels ecosistemes i pot ajudar a identificar enfocaments que promouen la recuperació de llocs degradats. Vam combi

Trets genòmics inesperats en bacteris intracel·lulars generalitzats: evidència de la motilitat de les clamídiaes marines

Trets genòmics inesperats en bacteris intracel·lulars generalitzats: evidència de la motilitat de les clamídiaes marines

Temes Evolució bacteriana Genòmica bacteriana Simbiosi Resum Les clamídia són bacteris intracel·lulars obligatoris que consisteixen en importants patògens humans i simbionts de protistes. L'evidència molecular indica una enorme diversitat de clamídia en particular en ambients marins, tot i que els nostres coneixements actuals es basen principalment en representants terrestres. Aquí p

Perspectives genòmiques de SAR86, un llinatge bacteri marí abundant i sense cultivar

Perspectives genòmiques de SAR86, un llinatge bacteri marí abundant i sense cultivar

Resum Els bacteris del clades SAR86 del rRNA 16S es troben entre els components no cultivats més abundants dels conjunts microbians de l'oceà superficial per als quals es disposa actualment de poca informació genòmica. Les tècniques bioinformàtiques es van utilitzar per reunir dos genomes gairebé complets de metagenomes marins i la seqüenciació de cèl·lules va proporcionar dos genomes més parcials. El recluta

Els bacteris “específics d’esponja” estan molt estès (però rars) en diversos ambients marins

Els bacteris “específics d’esponja” estan molt estès (però rars) en diversos ambients marins

Temes Biodiversitat Microbiologia marina Resum Nombrosos estudis han reportat l’existència de cúmuls de seqüència de genes d’ARN ribosòmic 16S específics d’esponja, que representen bacteris trobats en esponges però no detectats en altres ambients, com l’aigua de mar. L’arribada de tecnologies de seqüenciació profunda ens permet examinar la rara biosfera microbiana per tal de determinar si aquests bacteris són veritablement específics d’esponja, o estan més distribuïts, però només en abundàncies per sota dels límits de detecció dels enfocaments moleculars convencionals. Es van projectar> 12 m

Expressió in situ de proteïnes que uneixen el gel eucariotes a les comunitats microbianes del gel marí de l’Àrtic i de l’Antàrtida

Expressió in situ de proteïnes que uneixen el gel eucariotes a les comunitats microbianes del gel marí de l’Àrtic i de l’Antàrtida

Temes Comunitats microbianes Seqüenciació Microbiologia de l’aigua Resum Les proteïnes d’unió al gel (IBP) s’han aïllat de diversos organismes de gel marí. La seva caracterització apunta a un paper crucial en la protecció dels organismes en ambients sub zero. Tanmateix, la seva abundància i diversitat in situ a les comunitats microbianes naturals de gel marí no es coneixen en gran mesura. En aquest estu

Anàlisi evolutiu d'un llinatge racionalitzat de Roseobacters oceànics de superfície

Anàlisi evolutiu d'un llinatge racionalitzat de Roseobacters oceànics de superfície

Temes Genòmica bacteriana Microbiologia marina Filogenètica Resum La gran majoria dels bacteris oceànics de superfície no estan cultivats. En comparació amb els seus parents cultes, presenten freqüentment un genoma racionalitzat, un contingut reduït de G + C i un repertori genètic diferent. Aquests trets genòmics són rellevants per a l'adaptació ambiental i, en general, s'ha pensat que es fixen en poblacions de bacteris marins mitjançant selecció. Utilitzant

Contribucions diferencials d’oxidants d’amoníac i oxidants de nitrit a la nitrificació en quatre sòls arrossars

Contribucions diferencials d’oxidants d’amoníac i oxidants de nitrit a la nitrificació en quatre sòls arrossars

Temes Microbiologia del sòl Resum Els arrossars es caracteritzen per inundacions regulars i fecundació de nitrogen, però no s’entén la importància funcional dels oxidants amoníacs i dels oxidants de nitrit sota una gestió agrícola única. En aquest estudi, es reporten les contribucions diferencials de les arquees oxidants amb amoníac (AOA), els bacteris (AOB) i els bacteris oxidants per nitrits (NOB) a la nitrificació en quatre sòls de pàdel de diferents regions geogràfiques (Zi-Yang (ZY), Jiang- Du (JD), Lei-Zhou (LZ) i Jia-Xing (JX) que són representatius dels ecosistemes d’arròs a la Xina. En

La biodiversitat de les comunitats microbianes bentòniques en els sediments costaners bioturbats està controlada per microniches geoquímics

La biodiversitat de les comunitats microbianes bentòniques en els sediments costaners bioturbats està controlada per microniches geoquímics

Resum Es va utilitzar una combinació d’enfocaments de camp i de laboratori per abordar com l’activitat de bioturbació de dos crustacis, el gambeta fantasma Neotrypaea californiensis i el crancull de caça Uca crenulata , afecta la diversitat microbiana del fons marí d’una llacuna costanera (Port Catalina, illa Santa Catalina, CA, EUA). Es van r

Un clon fósmid SAR11 rar que confirma la variabilitat genètica en el genoma de "Candidatus Pelagibacter ubique"

Un clon fósmid SAR11 rar que confirma la variabilitat genètica en el genoma de "Candidatus Pelagibacter ubique"

Resum Es descriu un anàlisi de seqüències d’un clon de fòsmids d’una biblioteca metagenòmica marina costera que conté un gen 16S rRNA amb una alta similitud amb la seqüència del bacteri SAR11 “ Candidatus Pelagibacter ubique” HTCC1062. La seqüència del clon dels fòsmids tenia 32 086 pb de longitud i contenia 23 187 pb de la regió hiper-variable 2 de 48 kb (HVR2) present en el genoma de Cand . P. ubique '. N

La reconstrucció genòmica de múltiples llinatges d'arxies bentòniques no cultivades suggereix diferents rols bioxequímics i nínxols ecològics

La reconstrucció genòmica de múltiples llinatges d'arxies bentòniques no cultivades suggereix diferents rols bioxequímics i nínxols ecològics

Temes Archaea Microbiologia ambiental Ecologia microbiana El 21 de març de 2017 es va publicar un corrector a aquest article Resum Les papereres genòmiques pertanyents a múltiples llinatges arqueals es van recuperar a partir de diferents règims de redox en sediments de l'estuari del riu White Oak. El

Fixació de CO2 significativa per petits prymnesiophytes a l’oceà Atlàntic subtropical i tropical

Fixació de CO2 significativa per petits prymnesiophytes a l’oceà Atlàntic subtropical i tropical

Temes Biooceanografia microbiana Ecologia microbiana L'article original es va publicar el 15 d'abril de 2010 Correcció a: The ISME Journal (2010) 4 , 1180–1192; doi: 10.1038 / ismej.2010.36 Des de la publicació d’aquest article, els autors han notat que les unitats per a les taxes específiques de biomassa de fixació del CO 2 són incorrectes (per exemple, a la taula 2 i la figura 4). Les uni

El compost de pomes de raïm alberga espècies de Dehalogenimonas que respiren organohalides amb nous gens dehalogenasa reductiva

El compost de pomes de raïm alberga espècies de Dehalogenimonas que respiren organohalides amb nous gens dehalogenasa reductiva

Temes Microbiologia aplicada Solució de la contaminació Microbiologia del sòl Resum Els bacteris que respiren organohalides tenen un paper clau en el cicle natural del clor; tanmateix, la major part del coneixement actual es basa en cultures provinents d’ambients contaminats. Demostrem que el compost de pomes de raïm sense exposició prèvia a dissolvents clorats alberga una espècie Dehalogenimonas ( Dhgm ) capaç d’utilitzar etens clorats, inclòs el carcinogen humà i el clorur de vinil contaminant d’aigües subterrànies comunes (VC) com a receptors d’electrons. Els microcosmos de

La fosfatasa alcalina PhoX es distribueix més àmpliament en els bacteris marins que la PhoA clàssica

La fosfatasa alcalina PhoX es distribueix més àmpliament en els bacteris marins que la PhoA clàssica

Resum El fòsfor (P) és un nutrient vital per a tots els organismes vius i pot controlar el creixement dels bacteris a l’oceà. Els bacteris indueixen fosfatases alcalines quan el fosfat inorgànic (P i ) és insuficient per complir els seus requisits de P, i per tant s’han utilitzat mesures de l’activitat de fosfatasa alcalina a granel per avaluar l’estat P dels conjunts microbians. En aquest e

La resiliència dels ecosistemes de la superfície: l'atenuació a llarg termini dels contaminants de la superfície dóna suport a una comunitat microbiana dinàmica

La resiliència dels ecosistemes de la superfície: l'atenuació a llarg termini dels contaminants de la superfície dóna suport a una comunitat microbiana dinàmica

Resum La propensió als ecosistemes d’aigües subterrànies a recuperar-se de la contaminació per productes químics orgànics (en aquest cas, residus de quitrà de carbó) és de gran preocupació per als científics i enginyers que gestionen els llocs contaminats. Els processos de neteja mediats microbialment també són d’interès per als ecologistes, ja que són un mecanisme important per a la resiliència dels ecosistemes. En aquest estudi e

Participació de recursos en relació amb la convivència d’espècies de Lactobacillus a l’agricultura del ratolí

Participació de recursos en relació amb la convivència d’espècies de Lactobacillus a l’agricultura del ratolí

Resum L’anàlisi filogenètica de les comunitats intestinals dels vertebrats és avançada, però les relacions, especialment a nivell tròfic, entre els comensals que comparteixen hàbitats intestinals d’animals monogàstrics no s’han investigat fins a cap punt. La soca de Lactobacillus reuteri 100–23 i la soca de Lactobacillus johnsonii 100–33 conviuen al bosc de ratolins. Segons el princi

Perspectives sobre el metabolisme, l’estil de vida i la història evolutiva putativa de la nova filà arqueal “Diapherotrites”

Perspectives sobre el metabolisme, l’estil de vida i la història evolutiva putativa de la nova filà arqueal “Diapherotrites”

Temes Genòmica arqueal Resum El filum arqueològic 'Diapherotrites' es va proposar recentment a partir de l'anàlisi filogenòmica dels genomes recuperats d'una fossa d'aigua subterrània en una mina d'or abandonada (mina Homestake a Lead, SD, EUA). Aquí presentem una anàlisi detallada de les capacitats metabòliques i les característiques genòmiques de tres genomes simples amplificats (SAGs) pertanyents als 'Diapherotrites'. El més c

Uns índexs elevats de desnitrificació i eliminació de nitrats en sediments de filtració freda

Uns índexs elevats de desnitrificació i eliminació de nitrats en sediments de filtració freda

Temes Biofilms Biogeoquímica Biooceanografia microbiana Resum Es van mesurar les taxes de desnitrificació i eliminació de nitrats en sediments filtrats freds del golf de Mèxic. Es van analitzar les taxes de desnitrificació potencial heteròtrofes en incubacions de sèries temporals. Els sediments superficials habitats per Beggiatoa presentaven taxes de desnitrificació potencial heteròtrofes més elevades (32 μ MN reduït dia- 1 ) que els sediments més profunds (11 μ MN reduït dia- 1 ). Els índexs d&

La interrupció del transport de carboni d’arrel a l’humus forestal estimula els oportunistes fongs a costa dels fongs micoritzants

La interrupció del transport de carboni d’arrel a l’humus forestal estimula els oportunistes fongs a costa dels fongs micoritzants

Temes Ecologia forestal Ecologia de fongs Resum Els fongs ectomicorrítiques dominen les capes d'humus dels boscos boreals. Depenen dels hidrats de carboni que es traslladen a les arrels, a través del miceli fong a microsites del sòl, on es nodreixen els nutrients. Els fongs micoritzants són sensibles a pertorbacions que poden restringir el subministrament de carboni. Mi

L’estrès de l’hàbitat inicia canvis en la composició, l’intercanvi de gas CO2 i l’assignació de C com a trets de vida en les escorces biològiques del sòl

L’estrès de l’hàbitat inicia canvis en la composició, l’intercanvi de gas CO2 i l’assignació de C com a trets de vida en les escorces biològiques del sòl

Temes Ecofisiologia Microbiologia del sòl Resum Les escorces biològiques del sòl (BSC) són la unitat de vegetació funcional dominant en alguns dels hàbitats més difícils del món. Es va valorar la resposta de BSC a l’estrès mitjançant canvis en la composició biòtica, l’intercanvi de gasos de CO 2 i l’assignació de carboni en tres BSC dominats per líquens d’hàbitats amb nivells d’estrès diferents, dos llocs més extrems a l’Antàrtida i un lloc moderat a Alemanya. La fotosíntesi màxima neta (N

Els microcosmes microbis alimentats amb metà mostren dinàmiques de la comunitat diferencial i identifiquen tàxons implicats en la resposta comunitària

Els microcosmes microbis alimentats amb metà mostren dinàmiques de la comunitat diferencial i identifiquen tàxons implicats en la resposta comunitària

Temes Microbiologia de l’aigua Resum Informem observacions sobre la dinàmica de les comunitats bacterianes en resposta a l'estímul de metà en incubacions de microcosmos de laboratori preparades amb mostres de sediments de llac. Primer vam mesurar composicions taxonòmiques de cultius d’enriquiment a llarg termini i vam determinar que, tot i que dominades per tipus de metilococàcies , aquests cultius també contenien tipus d’acompanyament pertanyents a un nombre limitat de tàxons bacterians, metilòtrofs i no metilotròfics. Després vam s

Una atracció natural de l’olor entre els bacteris de l’àcid làctic i el nematode Caenorhabditis elegans

Una atracció natural de l’olor entre els bacteris de l’àcid làctic i el nematode Caenorhabditis elegans

Temes Ecologia molecular Resum Els depredadors animals poden fer un seguiment de preses amb el seu olfacte olfacte. El nematode bacteriòvor Caenorhabditis elegans empra neurones sensorials olfactives sensibles que expressen receptors d'olors similars als vertebrats per localitzar els bacteris. C.

Anàlisis metatranscriptòmiques de clorofototrofs d'una estora microbiana de primavera calenta

Anàlisis metatranscriptòmiques de clorofototrofs d'una estora microbiana de primavera calenta

Temes Ecofisiologia Ecologia microbiana Fotosíntesi Transcriptòmica Resum Per mètodes metatranscriptòmics, es va estudiar la comunitat fototròfica de taps microbis de Mushroom Spring, una font calenta silicosa alcalina al Parc Nacional de Yellowstone. L’ARN es va extreure d’exemplars de mat recol·lectats en quatre marcs de temps durant les transicions de llum a fosca i fosca a llum en un cicle diferent, i aquestes mostres d’ARN es van analitzar tant per la pirosecució com per les tecnologies SOLiD. La pirosego

El microbioma del moc de la superfície corall té un paper fonamental en la mediació de la salut i la supervivència de l'holobiont després de pertorbacions

El microbioma del moc de la superfície corall té un paper fonamental en la mediació de la salut i la supervivència de l'holobiont després de pertorbacions

Temes Ecologia microbiana Resum Els microbis són membres reconeguts del coral holobiont. Tanmateix, se sap poc sobre la dinàmica a curt termini de les comunitats microbianes associades a la mucosa en condicions naturals i després de les pertorbacions, i sobre com aquestes dinàmiques es relacionen amb la salut de l’hoste. A co

El xip d’hidrogenasa: una tècnica de microarrays d’ADN oligonucleòtid de rajoles per caracteritzar els microbis productors d’hidrogen i que consumeixen microbis a les comunitats microbianes

El xip d’hidrogenasa: una tècnica de microarrays d’ADN oligonucleòtid de rajoles per caracteritzar els microbis productors d’hidrogen i que consumeixen microbis a les comunitats microbianes

Resum Hem desenvolupat un ampli mètode per identificar microorganismes productors i consumidors d’hidrogen clau mitjançant l’anàlisi del contingut i l’expressió del gen d’hidrogenasa en comunitats microbianes anaeròbiques complexes. El mètode es basa en una microarray ADN oligonucleòtida del gen de l’hidrogenasa (xip hidrogenasa), que implementa un gran nombre de sondes per gen mitjançant la secció de sondes de mosaic a través de gens d’interès amb una cobertura de 1, 67 × –2 ×. Aquest disseny afavoreix

L’enfocament sinbiòtic restableix l’homeòstasi intestinal i prolonga la supervivència en ratolins leucèmics amb cachexia

L’enfocament sinbiòtic restableix l’homeòstasi intestinal i prolonga la supervivència en ratolins leucèmics amb cachexia

Temes Malalties intestinals Microbioma Resum La cachexia contra el càncer és una síndrome multifactorial que inclou el malbaratament muscular i la inflamació. Com que els microbis intestinals influeixen en la immunitat i el metabolisme de l’hoste, hem investigat el paper de la microbiota intestinal en la gestió terapèutica del càncer i la cachexia associada. Una anà

Convergència evolutiva en poblacions experimentals de Pseudomonas

Convergència evolutiva en poblacions experimentals de Pseudomonas

Temes Genètica bacteriana Biofilms Evolució Resum Els sistemes microbis model ofereixen l'oportunitat d'entendre les bases genètiques dels trets ecològics, la seva evolució, regulació i aportacions en forma física. Les poblacions experimentals de Pseudomonas fluorescents divergeixen ràpidament en microcosmes estructurats espacialment i produeixen diverses formes de colonització superficial. Malgrat

Atrapa'm si pot: dispersió i cerca de Bdellovibrio bacteriovorus 109J al llarg de la micèlia

Atrapa'm si pot: dispersió i cerca de Bdellovibrio bacteriovorus 109J al llarg de la micèlia

Temes Comunitats microbianes Microbiologia ambiental Resum Per fer front a ambients heterogenis i a la distribució de recursos, els fongs filamentosos han evolucionat un creixement espacialment extens que permet als seus hifes penetrar en les interfícies aire-aigua i passar pels porus carregats d’aire. Ta

Vesícules de membrana en entorns naturals: un repte important en l’ecologia viral

Vesícules de membrana en entorns naturals: un repte important en l’ecologia viral

Temes Ecologia microbiana Virologia La producció de vesícules de membrana extracel·lulars (en endavant anomenades MVs) és una característica cel·lular universal, comuna als tres dominis de la vida (Deatherage i Cookson, 2012). En particular, es coneix des de fa dècades que els bacteris, incloses les espècies marines, produeixen MV al laboratori, però també en biofilms o durant infeccions (Schooling i Beveridge, 2006; Deatherage i Cookson, 2012). Tanmatei

Adaptació al fred regulada per l’excisió de propags críptics a Shewanella oneidensis

Adaptació al fred regulada per l’excisió de propags críptics a Shewanella oneidensis

Temes Microbiologia ambiental Ecologia microbiana Resum Entre els estrès ambientals que experimenten els bacteris, els canvis de temperatura són un dels més importants. En aquest estudi, vam descobrir un nou mecanisme d’adaptació al fred en la Shewanella oneidensis que es produeix a nivell d’ADN i està regulat per l’excisió de profà criptica. Estudis ant

La metanosaeta acetoclàstica és metanògena dominant en els sediments marins antàrtics rics en orgànics

La metanosaeta acetoclàstica és metanògena dominant en els sediments marins antàrtics rics en orgànics

Temes Biogeoquímica Resum Malgrat comptabilitzar la majoria de metà sedimentari, la fisiologia i l’abundància relativa de metanògens subterranis no es coneixen malament. Hem combinat tècniques de lípids polars i metagenomes intactes per restringir millor la presència i les funcions dels metanògens dins dels sediments altament reductors i rics en orgànics de la conca Adélie de l'Antàrtida. El conjunt

Els microcanals exopolisacàrids dirigeixen la motilitat bacteriana i organitzen el comportament pluricel·lular

Els microcanals exopolisacàrids dirigeixen la motilitat bacteriana i organitzen el comportament pluricel·lular

Temes Comunitats microbianes Resum Els micobacteris són una família de bacteris del sòl que formen biofilms d’arquitectura complexa, eixams multicapa alineats o estructures del cos fructífers que són agregats simples o ramificats que contenen micospores. A continuació, es va examinar el paper estructural de l'exopolisacàrid de matriu (EPS) en l'organització d'aquestes cèl·lules bacterianes de superfície. Utilitzant

Dinàmiques de transmissió d'una malaltia infecciosa emergent a la vida salvatge a través de cicles reproductors d'hostes

Dinàmiques de transmissió d'una malaltia infecciosa emergent a la vida salvatge a través de cicles reproductors d'hostes

Temes Reproducció d'animals Infecció viral Transmissió viral Resum Les malalties infeccioses emergents constitueixen una amenaça important per a les poblacions de vida salvatge. Per millorar la nostra comprensió de la dinàmica d’aquestes malalties, es va investigar com el comportament reproductor de l’hoste i la variació de la temperatura estacional impulsen la transmissió d’infeccions entre els amfitrions, utilitzant el sistema model de malaltia del ciprínid herpesvirus 3 (CyHV-3) a la carpa comuna. Els nostres p

Remodelació transcriptoma bacteriana durant co-cultiu seqüencial amb un dinoflagelat marí i una diatoma

Remodelació transcriptoma bacteriana durant co-cultiu seqüencial amb un dinoflagelat marí i una diatoma

Temes Biooceanografia Ecologia microbiana Resum En el seu paper com a productors primaris, el fitoplàncton marí modula les activitats bacterianes heteròtrofes mitjançant diferències en els tipus i quantitats de matèria orgànica que alliberen. Aquest estudi investiga la resposta transcripcional del bacteri Ruegeria pomeroyi , membre del clade Roseobacter conegut per afiliar-se a diversos grups fitoplanctonics a l’oceà, durant un canvi en la taxonomia del fitoplàncton. El bacter

Metagenòmica orientada al gen revela una àmplia diversitat de gens de dioxigenasa aromàtica al medi

Metagenòmica orientada al gen revela una àmplia diversitat de gens de dioxigenasa aromàtica al medi

Resum Comprendre la relació entre la diversitat gènica i la funció per a processos ambientals importants és un objectiu important de la investigació ecològica. Aplicem la metagenòmica i la pirosolució genètica dirigides als gens de la dioxigenasa aromàtica per obtenir una seqüència més gran de la possible per altres mètodes. Un conjunt d

Explorant grans virus d'ADN nucleo-citoplasmàtics en metagenomes microbians de l'oceà Tara

Explorant grans virus d'ADN nucleo-citoplasmàtics en metagenomes microbians de l'oceà Tara

Temes Metagenòmica Biooceanografia microbiana Resum Els virus de gran ADN nucleo-citoplasmàtics (NCLDVs) constitueixen un grup de virus eucariotes que poden tenir papers ecològics crucials al mar en accelerar la facturació dels seus hostes unicel·lulars o en provocar malalties en animals. Per caracteritzar millor la diversitat, l’abundància i la biogeografia dels NCLDV marins, es van analitzar 17 metagenomes derivats de mostres microbianes (mida de 0, 2–1, 6 μm) recollides durant l’expedició Tara Oceans. El conjunt d

Captar els tàxons més desitjats mitjançant correlacions entre mostres

Captar els tàxons més desitjats mitjançant correlacions entre mostres

Temes Microbiologia aplicada Metagenòmica Resum El Projecte de Microbioma Humà (HMP) va identificar les seqüències del gen ARN 16S dels tàxons "més desitjats", prevalents en la microbiota humana sana, però allunyades de les seqüències anteriorment conegudes. Des del 2012, pocs dels corresponents genomes han estat aïllats i seqüenciats, i només mitjançant tècniques avançades d’aïllament. Demostrem que el

L'evolució de la divergència metabòlica en Pseudomonas aeruginosa durant la infecció a llarg termini facilita una interacció entre espècies proto-cooperatives

L'evolució de la divergència metabòlica en Pseudomonas aeruginosa durant la infecció a llarg termini facilita una interacció entre espècies proto-cooperatives

Temes Ecologia microbiana Resum No es coneixen bé l'efecte de les interaccions polimicrobianes en la fisiologia dels patògens i com pot actuar tant per limitar la colonització de patògens com per potenciar l'expansió i la virulència dels patògens. Pseudomonas aeruginosa i Staphylococcus aureus són patògens oportunistes que solen trobar-se en infeccions humanes polimicrobianes. Tot i a

La primera colonització d'Escherichia coli genera una remodelació de l'epiteli colònic de rata cap a un nou estat homeostàtic.

La primera colonització d'Escherichia coli genera una remodelació de l'epiteli colònic de rata cap a un nou estat homeostàtic.

Temes Colon Microbiota Resum Hem investigat els efectes dels primers bacteris colonitzadors sobre l'epiteli colònic. Vam aïllar bacteris dominants, Escherichia coli , Enterococcus faecalis , Lactobacillus intestinalis , Clostridium innocuum i una novetat Fusobacterium spp., A partir dels continguts intestinals de rates mamàries convencionals i els vam transferir en diferents combinacions a rates adultes sense germen (GF). E

El règim de nutrients regula l’ús complex del lloc d’inici transcripcional dins d’un clúster de gens Pseudoalteromonas chitinasa

El règim de nutrients regula l’ús complex del lloc d’inici transcripcional dins d’un clúster de gens Pseudoalteromonas chitinasa

Resum El clúster del gen quitinasa del bacteri marí Pseudoalteromonas sp. S91, quiABC , que produeix les quitinases principals d'aquesta espècie, es va transcriure com a operó i de cada gen individual. Es va trobar que chi , chiB i chiC posseeixen múltiples punts d’inici transcripcionals (TSPs), l’ús de la qual va ser determinat pel règim de nutrients utilitzat per al creixement de S91. En un med

El gènere Micromonospora està molt estès en els nòduls arrels de llegums: l'exemple de Lupinus angustifolius

El gènere Micromonospora està molt estès en els nòduls arrels de llegums: l'exemple de Lupinus angustifolius

Temes Ecologia microbiana Microbiologia del sòl Simbiosi Resum El nostre coneixement actual sobre les interaccions planta-microbis indica que les poblacions que habiten una planta hoste no estan restringides a una sola espècie microbiana, sinó que comprenen diversos gèneres i espècies. Ningú sap si les comunitats de les plantes interaccionen i s’ha especulat que els efectes beneficiosos són el resultat de les seves activitats combinades. Durant

El sondatge molecular específic per al llinatge revela una diversitat i un compartiment ecològic novedosos en haplosporidians

El sondatge molecular específic per al llinatge revela una diversitat i un compartiment ecològic novedosos en haplosporidians

Temes Biooceanografia Ecologia microbiana Parasitologia Resum Els haplosporidians són paràsits rizaris d’invertebrats majoritàriament marins. Inclouen els agents causants de malalties de mol·luscs comercialment importants, inclosa la malaltia MSX en ostres. Malgrat la seva importància per a la seguretat alimentària, la seva diversitat i distribucions són poc conegudes. Es va u

La detecció de quòrum protegeix la cooperació bacteriana de l'explotació per trampes

La detecció de quòrum protegeix la cooperació bacteriana de l'explotació per trampes

Temes Ecologia microbiana Resum La detecció de quòrum (QS) és un sistema de comunicació entre cèl·lules i cèl·lules que es troba en moltes espècies bacterianes, que controlen habitualment els trets cooperatius secretats, inclosos els enzims digestius extracel·lulars. Mostrem que l’arquitectura reguladora canònica QS permet als bacteris intuir la composició genotípica de poblacions d’alta densitat i limitar les inversions cooperatives als entorns socials enriquits per als cooperants. Utilitzant pobl

Els nutrients generen canvis transcripcionals que mantenen l’homeòstasi metabòlica però alteren l’arquitectura del genoma en Microcystis

Els nutrients generen canvis transcripcionals que mantenen l’homeòstasi metabòlica però alteren l’arquitectura del genoma en Microcystis

Temes Ecologia d’aigua dolça Ecologia microbiana Transcriptòmica El 23 de setembre de 2014 es va publicar un corrector a aquest article Aquest article s'ha actualitzat Resum El cianobacteri Microcystis aeruginosa és un organisme de formació de flors distribuït globalment que degrada els sistemes d’aigua dolça de tot el món. Els facto

La vida al límit: resposta genòmica funcional de l’Ignicoccus hospitalis davant la presència d’equitans de Nanoarchaeum

La vida al límit: resposta genòmica funcional de l’Ignicoccus hospitalis davant la presència d’equitans de Nanoarchaeum

Temes Genòmica arqueal Biologia evolutiva Genòmica funcional Dinàmica de població Resum El crenariqui hipertermèmic marí Ignicoccus hospitalis recolza la propagació a la seva superfície dels equitans de Nanoarchaeum , un arqueó evolutivament enigmàtic que s’assembla a bacteris paràsits i simbiòtics molt derivats. Es desconeix

La cerca d’una visió unificada de la colonització de bacteris terrestres

La cerca d’una visió unificada de la colonització de bacteris terrestres

Temes Metagenòmica Ecologia microbiana Filogenètica Resum L’exploració de mecanismes moleculars subjacents a la transició bacteriana aigua a terra representa un inici crític cap a una millor comprensió del funcionament i l’estabilitat dels ecosistemes terrestres. A continuació, realitzem anàlisis exhaustives basades en una gran varietat de bacteris mitjançant la integració de dades taxonòmiques, filogenètiques i metagenòmiques, a la recerca d’una visió unificada que dilucidi les dinàmiques genòmiques, evolutives i ecològiques dels progenitors marins en adaptar-se als ambients no convencionals.

La utilització de sondatges isòtops estables per identificar microorganismes reductors de ferro implicats en la degradació anaeròbia del benzè

La utilització de sondatges isòtops estables per identificar microorganismes reductors de ferro implicats en la degradació anaeròbia del benzè

Resum A continuació, presentem una detallada caracterització funcional i filogenètica d’una cultura d’enriquiment reductor de ferro mantinguda al nostre laboratori amb el benzè com a única font de carboni i energia. S'han utilitzat sondatges isòtops estables al DNA per identificar els microbis dins de l'enriquiment més actiu en l'assimilació de l'etiqueta 13 C. Quan es va

Relació funcional entre Campylobacter concisus i l'ecosistema d'estómac en salut i malalties

Relació funcional entre Campylobacter concisus i l'ecosistema d'estómac en salut i malalties

Temes Ecologia microbiana Microbiota El nostre grup ha llegit amb molt d’interès l’article de von Rosenvinge et al. (2013) sobre la caracterització de la microbiota present en el líquid d'estómac mitjançant l'ADN ribosòmic 16S i la seqüenciació de l'ARN ribosòmic. L’acidesa gàstrica i els enzims proteolítics actuen com a barrera per als microbis ingerits, influint així en l’ecologia microbiana de tot el tracte gastrointestinal (GIT). Això es recolza en

Circuits sensibles al quòrum basats en AHL: la seva freqüència i funció entre les Proteobacteries

Circuits sensibles al quòrum basats en AHL: la seva freqüència i funció entre les Proteobacteries

Ara és evident que els bacteris utilitzen sistemes reguladors anomenats quòrum (QS) per detectar la seva densitat de població. Aquests sistemes depenen de la producció de molècules de senyalització que activen gens específics quan el senyal arriba a una concentració de llindar crítica. Aquests gens regulats per QS produeixen fenotips que requereixen un comportament coordinat per transmetre avantatges competitius a la població (com la formació de biofilm i la patogènesi). El sistema

Biogeografia i diversitat de Collodaria (Radiolaria) a l’oceà global

Biogeografia i diversitat de Collodaria (Radiolaria) a l’oceà global

Temes Biodiversitat Biooceanografia microbiana Resum Els colodaris són protistes marins heteròtrofs que existeixen ja sigui com a grans colònies compostes per centenars de cèl·lules o com a grans cèl·lules solitàries. Totes les espècies descrites fins al moment contenen microalgues intracel·lulars com a fotosimbionts. Tot i qu

Evidència molecular de limitació i disponibilitat de ferro al trichodesmium diazotròfic global

Evidència molecular de limitació i disponibilitat de ferro al trichodesmium diazotròfic global

Temes Fisiologia bacteriana Biogeoquímica Biooceanografia microbiana Evolució molecular Resum L’activitat del gènere cianobacterià de fixació N 2 Trichodesmium és fonamental per als cicles globals de nitrogen (N) i carboni (C). Tot i que s’ha demostrat que el ferro (Fe) és un element important que limita el creixement i la fixació amb N2 del Trichodesmium , no hi ha hagut dades específiques que demostrin l’afectació in situ de Fe a Trichodesmium . Es van enquest

Producció de sideròfors i formació de biofilm com a trets socials vinculats

Producció de sideròfors i formació de biofilm com a trets socials vinculats

Resum La virulència dels microbis patògens pot dependre de cèl·lules individuals que cooperen en la producció concertada de molècules que facilitin la colonització o explotació de l’hoste. No obstant això, els grups que poden cooperar poden ser explotats per defectes socials o "trampes". Per tant,

Caracterització de la dinàmica de població microbiana mixta mitjançant anàlisi de sèries de temps

Caracterització de la dinàmica de població microbiana mixta mitjançant anàlisi de sèries de temps

Resum A causa d’una escassetat general de dades de població temporal, les estructures dinàmiques de les comunitats microbianes continuen essent en gran mesura inexplorades. Tanmateix, el coneixement de la dinàmica comunitària és essencial per comprendre els mecanismes amb els quals interaccionen els microbis. Aquí,

Anàlisi directa de l'expressió gènica tfdA de bacteris indígenes en sòl agrícola modificat per l'àcid fenoxi

Anàlisi directa de l'expressió gènica tfdA de bacteris indígenes en sòl agrícola modificat per l'àcid fenoxi

Resum Es va investigar l' expressió del gen funcional tfdA implicat en la degradació d'àcids fenoxacètics com ara l'àcid 2, 4-diclorofenoxiacètic (2, 4-D) i l'àcid 4-cloro-2-metilfenoxi-acètic (MCPA) durant els escenaris de degradació en mostres naturals de sòls sense sembra. Els resu

La genòmica comparativa dels llinatges patògens de Vibrio nigripulchritudo identifica els trets associats a la virulència

La genòmica comparativa dels llinatges patògens de Vibrio nigripulchritudo identifica els trets associats a la virulència

Temes Patogènesi bacteriana Genòmica comparativa Recombinació d’ADN Filogenètica Resum Vibrio nigripulchritudo és un patogen emergent de gambes de granja a Nova Caledònia i altres regions de l’Indo-Pacífic. Es desconeixen els determinants moleculars de la patogenicitat de V. nigripulchritudo ; tanmateix, estudis epidemiològics moleculars han suggerit que la patogenicitat està vinculada a llinatges particulars. Aquí, es va