Mètodes (Abril 2020)

Correcció d'errors ràpida i precisa de les pirosqüències d'amplicó mitjançant Acàcia

Correcció d'errors ràpida i precisa de les pirosqüències d'amplicó mitjançant Acàcia

Temes Bioinformàtica Comunitats microbianes Seqüenciació A l'editor: Els errors de lectura es comprometen les mètriques de diversitat microbiana basades en la seqüenciació d’amplicons d’alt rendiment. La pirosecució de titani Roche 454 GS FLX és actualment la tecnologia més utilitzada per a estudis de microbis basats en l'amplicó basats en l'amplicó, malgrat l'elevada taxa d'error d'inserció i supressió associada als homopolímers 1, 2 . Actualment, hi h

Quantificant la resolució local de mapes de densitat cryo-EM

Quantificant la resolució local de mapes de densitat cryo-EM

Temes Microscòpia crioelectró Processament d'imatge Proteïnes Programari Resum Proposem una definició de resolució local per a mapes de densitat en crio-microscòpia (crio-EM) tridimensionals que utilitzin característiques sinusoïdals locals. El nostre algorisme no té paràmetres gratuïts i és aplicable a altres modalitats d’imatge, inclosa la tomografia. Avaluant la

Visualització de dades: ambigüitat com a company de viatge

Visualització de dades: ambigüitat com a company de viatge

Temes Bioinformàtica Biologia computacional i bioinformàtica Estar segur és bo; ser insegur no necessàriament és dolent. Els equips de recerca estan treballant per fer visual la incertesa. Principal Dades d'un experiment poden semblar sòlids rocosos. En fer més examen, les dades poden convertir-se en una cosa molt menys ferma. Una r

ProteomeBinders: planificació d’un recurs europeu de reactius d’afinitat per a l’anàlisi del proteoma humà

ProteomeBinders: planificació d’un recurs europeu de reactius d’afinitat per a l’anàlisi del proteoma humà

El passat 1 de febrer de 2007 es va publicar un corrector a aquest article Aquest article s'ha actualitzat ProteomeBinders és un nou consorci europeu que pretén establir un recurs integral de reactius d’afinitat ben caracteritzats, inclosos, però no limitats a anticossos, per a l’anàlisi del proteoma humà. Atesa l

Addenda: exploració dels determinants de la seqüència de l'estructura amiloide mitjançant matrius de puntuació específiques de posició

Addenda: exploració dels determinants de la seqüència de l'estructura amiloide mitjançant matrius de puntuació específiques de posició

Temes Agregació de proteïnes Seqüenciació de proteïnes Informàtica Proteome L'article original es va publicar el 14 de febrer de 2010 Nat. Mètodes 7 , 237-242 (2010); publicat en línia el 14 de febrer de 2010; addendum publicat després d'impressió el 29 de setembre de 2010. Després de la publicació del nostre treball, vam identificar un error a la taula 1 respecte a la comparació del nostre programa, Waltz, amb el perfil 3D del programa 1 (ref. 25 al nostr

Plasmids: comprar a l’edat de l’abundància

Plasmids: comprar a l’edat de l’abundància

Temes Tècniques citològiques Genòmica funcional Cèl·lules solars Tecnologia Gestionar, compartir i controlar la qualitat dels plasmids pot ser senzill. Però moltes tècniques per difondre-les no fan escala, cosa que porta a empreses sense ànim de lucre i empreses a explorar noves opcions. Principal Hi ha moltes maneres de “comprar” els plasmids, l’ADN extracromosòmic, circular que es troba en els bacteris i algunes cèl·lules eucariotes. Els plasmides a

Com més petit millor

Com més petit millor

Els biòlegs estan cada cop més interessats en els enfocaments d’una sola molècula. En aquest número, un Focus proporciona una guia per a un biòleg a aquest camp relativament nou i dos treballs presenten avenços en la visualització a nanoescala. Visiteu Methagora per veure i publicar comentaris sobre aquest article. La capa

Rectificum: identificació acurada de variants d'un sol nucleòtid en cèl·lules simples amplificades de genoma sencer

Rectificum: identificació acurada de variants d'un sol nucleòtid en cèl·lules simples amplificades de genoma sencer

L'article original es va publicar el 20 de març de 2017 Nat. Mètodes 14 , 491–493 (2017); publicat en línia el 20 de març de 2017; corregit després de la impressió el 13 d'octubre de 2017 A la versió d’aquest article publicat inicialment, Lodato, MA et al . Science 350 , 94-98 (2015) (referència 2) es va citar com a exemple d’un estudi de seqüenciació d’unicel·lular amb altes transicions CG-to-TA que aplica lisi de calor. Tanmateix, aquest

Els productes Thermo Scientific permeten l'aplicació d'avantguarda en cèl·lules mare

Els productes Thermo Scientific permeten l'aplicació d'avantguarda en cèl·lules mare

Resum La cartera d’excel·lència Thermo Scientific Stem Cell inclou molts dels productes imprescindibles per a la investigació d’èxit en cèl·lules mare. Els investigadors utilitzats per recolzar aplicacions d'avantguarda en laboratoris de tot el món, els productes de la cartera de excel·lència de cèl·lules mare proporcionen la precisió i la fiabilitat necessaris per donar suport a aquesta àrea innovadora de recerca. Aquí descrivim

Microscòpia: veure a través del teixit

Microscòpia: veure a través del teixit

Temes Neurociència cel·lular Imatge per fluorescència Tecnologia Les mostres de teixit difonen la llum i tanquen una mirada més profunda. Els agents de neteja de teixits han canviat això, però els científics han de considerar l'optimització de l'òptica quan facin servir aquests mètodes. Principa

Rectificum: mutagènesi d'un aminoàcid massivament paral·lela

Rectificum: mutagènesi d'un aminoàcid massivament paral·lela

L'article original es va publicar el 05 de gener de 2015 Nat. Mètodes 12 , 203-206 (2015); publicat en línia el 5 de gener de 2015; corregit després de la impressió el 10 d’abril de 2017 A la versió d’aquest article publicat inicialment, la unitat (nM) per a la concentració dUTP descrita a la secció “Preparació de plantilles de tipus salvatge” dels Mètodes en línia era incorrecta. La unitat correc

Una resposta intel·ligent dissenyada

Una resposta intel·ligent dissenyada

Els científics són cada cop més propensos a discutir el mite del disseny intel·ligent com a teoria científica. Visiteu Methagora per veure i publicar comentaris sobre aquest article. Una mica més d’un any abans de celebrar el bicentenari del naixement de Darwin, l’activisme anti-Darwin està ben viu. El movime

Microfluídics: a la recerca d’una aplicació d’assassí

Microfluídics: a la recerca d’una aplicació d’assassí

Empreses i investigadors acadèmics desenvolupen cada cop més dispositius microfluídics. El que realment volen els grups d'interès tecnològic és una aplicació que desencadenarà l'adopció generalitzada de microfluídics per part dels biòlegs. Nathan Blow informa. El camp dels microfluídics està en un punt en què es busca una "aplicació assassina" o una "aplicació assassina" com diuen els informàtics. Durant els últi

RNA petits: el nou i valent món de la biologia

RNA petits: el nou i valent món de la biologia

Els petits esforços de descobriment i perfilació de l'ARN estan remodelant dramàticament conceptes fonamentals de la regulació dels gens i condueixen a noves eines per estudiar la funció gènica. La capacitat de l'ARN de doble fil per silenciar els gens es va descriure per primera vegada a Caenorhabditis elegans el 1998: un descobriment que guanyaria a Andrew Fire i Craig Mello el premi Nobel de fisiologia o medicina del 2006. El n

Perfeccionant dades sobre grans genomes del càncer

Perfeccionant dades sobre grans genomes del càncer

Temes Bioinformàtica Genòmica del càncer Pavimentant carreteres per muntanyes de dades, els consorcis estan desenvolupant fluxos de treball i eines per a un ús generalitzat. Principal El genetista del càncer Matthew Meyerson, que es troba al Dana-Farber Cancer Institute i l’Institut Ampli del MIT i Harvard, fa un seguiment de les maneres en què els tumors causen caos en cèl·lules ordenades. Vol dedi

Preparació ràpida i de gran rendiment per a biblioteques de seqüenciació de nova generació

Preparació ràpida i de gran rendiment per a biblioteques de seqüenciació de nova generació

Temes Biblioteques de productes químics Seqüenciació de nova generació Resum Els avenços en seqüenciació de nova generació han comportat nous mètodes de preparació de biblioteques compatibles amb múltiples plataformes de seqüenciació. Mètodes actuals (tant mecànics com enzimàtics): limitacions de la cara: protocols en diversos passos, pèrdua de mostres, falta d'automatització i costos laborals. Amb la disminuci

Microbiologia: aprofitant el biaix de la PCR

Microbiologia: aprofitant el biaix de la PCR

Temes Metagenòmica Microbioma Tècniques basades en PCR Molts factors poden variar els resultats d'una tècnica d'amplificació àmpliament utilitzada per a l'anàlisi de microbiomes, però els investigadors estan trobant estratègies per arribar a la veritat. Principal Imagineu-vos que us heu agafat a una botella d’aigua que s’arrossega amb els microbis, i això és bo, perquè feu un cens dels mirívors microscòpics denizens del llac del qual vau obtenir aquest aigua. Però, com heu d

Les petites vies aèria permeten analitzar la inflamació pulmonar humana i les respostes als medicaments in vitro

Les petites vies aèria permeten analitzar la inflamació pulmonar humana i les respostes als medicaments in vitro

Temes Citocines Lab-on-a-chip Respiració Recerca traslacional Resum A continuació es descriu el desenvolupament d'un "petit pas aeri" de pulmó humà que conté un epiteli bronquiolar mucociliari diferenciat i un endoteli microvascular subjacent que experimenta el flux de fluids, que permet l'anàlisi de la fisiopatologia pulmonar a nivell d'òrgan in vitro . L’exp

La mesura de la reproductibilitat

La mesura de la reproductibilitat

Temes Tècniques biològiques Dades de recerca Una idea clara del rendiment (els punts forts, però també els límits) dels mètodes de recerca biològica és fonamental per generar dades fiables que altres puguin reproduir. El fet de ser capaç de replicar i basar-se en el treball d'altres científics o ajustar les seves idees quan les dades suggereixen el contrari, forma part de la base de suport del procés científic. Però, dona

On són les dades?

On són les dades?

Temes Edició Ara els mètodes de naturalesa requereixen que es proporcionin declaracions de disponibilitat de dades amb documents de recerca. A mesura que la comunitat investigadora abraça l'intercanvi de dades, les revistes acadèmiques poden fer la seva part per ajudar-les. A partir d’aquest mes, tots els treballs d’investigació acceptats per a la seva publicació en Nature , Methods Nature i altres 11 títols de Nature hauran d’incloure informació sobre si i com els lectors poden accedir a les dades subjacents. Aquestes dec

Etiquetatge del proteoma nascent in vivo

Etiquetatge del proteoma nascent in vivo

Temes Proteoma Anàlisi proteòmica Proteòmica Alvarez-Castelao, B. et al . Nat. Biotecnologia 35 , 1196–1201 (2017). Els mètodes per etiquetar proteïnes acabades de sintetitzar permeten als investigadors pescar proteïnes de les cèl·lules per a la seva identificació mitjançant tècniques com l’espectrometria de masses. El sistema mu

Correcció: visualització comparativa de les relacions genotip-fenotip

Correcció: visualització comparativa de les relacions genotip-fenotip

L'article original es va publicar el 30 de juliol de 2015 Nat. Mètodes 12 , 698–699 (2015); publicat en línia el 30 de juliol de 2015; corregit després de la impressió el 24 de setembre de 2015 En la versió d’aquest article publicat inicialment, es va ometre una font de finançament. Els autors reconeixen finançament addicional del Consell de Recerca Mèdica (programa MC_U142684171). S'ha c

Emmagatzematge a temperatura ambient d’ADN i ARN a temperatura ambient

Emmagatzematge a temperatura ambient d’ADN i ARN a temperatura ambient

Resum L’aigua redueix la vida útil de l’ADN. La integritat del biosample és discutible per a mostres emmagatzemades en un ambient humit a causa del risc persistent d’hidròlisi d’ADN, fins i tot a baixa temperatura. GenVault ha desenvolupat un conjunt de productes que inclou GenPlates ™, GenSolve ™, GenTegra ™ Tubs i GenConnect ™ per emmagatzemar i gestionar biosamples secs i a temperatura ambient (25 ° C). GenVault està canv

Espectrometria de masses: joc de captura

Espectrometria de masses: joc de captura

L’espectrometria de masses està més que mai a l’avantguarda de la investigació funcional en proteòmica. La tecnologia ha recorregut un llarg camí, però, què manté el futur? Nathan Blow obté perspectives, prediccions i desitjos per part dels desenvolupadors clau. "El que hem vist durant l'última dècada va ser principalment millores en les tecnologies existents", afirma Franz Hillenkamp, ​​de la Universitat de Munster. John Yates, de l’

Una "guia aproximada" per a la publicació

Una "guia aproximada" per a la publicació

Presentar o reenviar un manuscrit: alguns passos i decisions importants al llarg del camí. Visiteu Methagora per veure i publicar comentaris sobre aquest article. El camí cap a la publicació és ben combinat per a alguns científics, però sembla més que un camí fosc i sense marques per a d’altres. Ajuda a

Espectrometria de masses per a biòlegs

Espectrometria de masses per a biòlegs

Temes Espectrometria de masses Proteòmica La proteòmica basada en espectrometria de masses encara s'està expandint ràpidament, no només pel que fa als mètodes i instruments, sinó també a les qüestions biològiques. Carol Robinson va utilitzar per primera vegada un espectròmetre de masses com a adolescent a principis dels anys 70. Ella reco

Fonts de variació

Fonts de variació

Temes Dades de recerca Mètodes estadístics Resum Per generalitzar conclusions a una població, hem de mostrar la seva variació. Principal La variabilitat és inevitable en experiments per efectes biològics i tècnics. Si bé la variabilitat tècnica s’ha de controlar estrictament per millorar la validesa interna dels resultats, cal mantenir alguns tipus de variabilitat biològica per permetre generalitzar els resultats a la població d’interès. El control exp

Una plataforma de cribratge fenotípica humanitzada per al dolor crònic

Una plataforma de cribratge fenotípica humanitzada per al dolor crònic

Temes Dolor crònic Cribratge fenotípic Resum Censo Biotechnologies i Cellectricon han unit esforços per desenvolupar una plataforma de descobriment de fàrmacs humanitzats de primera mena per combinar el dolor crònic. La plataforma es basa en neurones derivades de cèl·lules mare pluripotents induïdes per l'ésser humà en combinació amb el sistema de cribratge Cellaxess ® Elektra de Cellectricon. La combina

La genòmica estructural en el punt de mira

La genòmica estructural en el punt de mira

Els esforços en genòmica estructural han impulsat el desenvolupament continu de nous mètodes i tecnologies, beneficiant una àmplia comunitat. Visiteu Methagora per veure i publicar comentaris sobre aquest article. Una de les moltes àrees de recerca que ha tingut un inici en els projectes del genoma és el camp conegut com a genòmica estructural, l’objectiu de resoldre estructures proteïnes tridimensionals. Actualme

Erratum: ImmunoPET de tot el cos revela dinàmiques SIV actives en macàcies tractades amb teràpia virèmica i antiretroviral

Erratum: ImmunoPET de tot el cos revela dinàmiques SIV actives en macàcies tractades amb teràpia virèmica i antiretroviral

L'article original es va publicar el 09 de març de 2015 Nat. Mètodes 12 , 427–432 (2015); publicat en línia el 9 de març de 2015; corregit després de la impressió l'11 de juny de 2015 A la versió d'aquest article publicat inicialment, el primer nom d'Emmeline L. Blanchard va ser escrit amb títol a l'Emeline. S'ha

El cribratge acadèmic té un gran rendiment

El cribratge acadèmic té un gran rendiment

Temes Negoci i indústria Cribratge d’alt rendiment Comunitat científica La creació de pantalles efectives requereix temps, escepticisme i reduccions astutes. Els investigadors dels centres de cribratge acadèmic estan creant assaigs per a projectes que les grans companyies farmacèutiques són poc resistents a tocar. L’impu

Comparació objectiva dels mètodes de seguiment de partícules

Comparació objectiva dels mètodes de seguiment de partícules

Temes Imatge per fluorescència Processament d'imatge Microscòpia Resum El seguiment de partícules és d’importància clau per a l’anàlisi quantitativa de processos dinàmics intracel·lulars a partir de dades d’imatges de microscòpia en lapse de temps. Com que la detecció manual i el seguiment d'un gran nombre de partícules individuals no és factible, molts grups han desenvolupat mètodes computacionals automatitzats per a aquestes tasques. Amb l'objecti

Distribucions de mostreig i arrencada d’arrencada

Distribucions de mostreig i arrencada d’arrencada

Temes Dades de recerca Resum El bootstrap es pot utilitzar per avaluar la incertesa de les estimacions de mostra. Principal Abans hem comentat la importància d’estimar la incertesa en les nostres mesures i incorporar-la a l’anàlisi de dades 1 . Per saber fins a quin punt podem generalitzar les nostres observacions, hem de saber com varia la nostra estimació entre mostres i si està esbiaixada (sistemàticament sobrevalora o subestima el veritable valor). Malaura

Així que estàs escrivint un article

Així que estàs escrivint un article

Temes Edició Escriure un document científic clar, precís i convincent és alhora un art i una habilitat. Val la pena dominar-ho. Al segle XVII, ben aviat a la història de la ciència experimental moderna, els descobriments es difonen típicament dins només d’un grup selecte (S. Shapin, A Social History of Truth , Univ. Chicago

Un estudi de prova de HUPO revela problemes comuns en proteòmica basada en espectrometria de masses

Un estudi de prova de HUPO revela problemes comuns en proteòmica basada en espectrometria de masses

El passat 1 de juliol de 2009 es va publicar un corrector a aquest article Aquest article s'ha actualitzat Resum Hem realitzat un estudi de mostra d’assaig per intentar identificar errors que condueixen a una irreproducibilitat, incloent la incompletitud del mostreig de pèptids, en la cromatografia líquida –protomòmica basada en espectrometria de masses. Distr

Projecció: l'edat dels peixos

Projecció: l'edat dels peixos

Temes Imatges Microfluídics Projecció Peix zebra Els avenços en microfluídica i imatge, juntament amb alguns estudis d’alt perfil, augmenten l’interès pel cribratge de l’organisme sencer. Randall Peterson no va entrar a la planificació escolar per a treballar amb peixos zebra. En el seu lloc, va intentar entendre com el fàrmac immunosupressor rapamicina interactua amb el mTOR, el seu objectiu proteic de mamífers, conegut ara per integrar vies de senyalització cel·lular que controlen tot, des de la motilitat cel·lular fins a la síntesi de proteïnes. Durant els mesos

Rectific: Explotació de l'estructura terciària a través dels plecs locals per a la fase cristal·logràfica

Rectific: Explotació de l'estructura terciària a través dels plecs locals per a la fase cristal·logràfica

L'article original es va publicar el 15 de setembre de 2013 Nat. Mètodes 10 , 1099–1101 (2013); publicat en línia el 15 de setembre de 2013; corregit després de la impressió el 5 de maig de 2014 A la versió d’aquest article publicat inicialment, els autors no van reconèixer a totes les persones implicades en la generació del conjunt de dades cristal·logràfiques d’A1503 d’ A . Fulgidus. Aques

Immunoassays AlphaLISA: l'alternativa sense rentat als ELISAs per a la investigació i el descobriment de medicaments

Immunoassays AlphaLISA: l'alternativa sense rentat als ELISAs per a la investigació i el descobriment de medicaments

Resum Els immagens d’AlfaLISA ® basats en perles de PerkinElmer estan dissenyats per a la detecció d’analits en mostres biològiques. Aquests assajos quimioluminescents sense rentat són adequats idealment per a la miniaturització i l’automatització. Presenten una sensibilitat notable, un ampli rang dinàmic i un rendiment robust que es compara amb avantatge amb un assaig immunosorbent convencional enllaçat amb enzims (ELISA). Principal EL

Enginyeria de proteïnes: navegar entre l’atzar i la raó

Enginyeria de proteïnes: navegar entre l’atzar i la raó

Temes Biblioteques de productes químics Enginyeria de proteïnes Els investigadors utilitzen grans biblioteques, biblioteques enfocades i un disseny racional per enginyar proteïnes útils. L’enginyeria de proteïnes s’ha utilitzat per crear fàrmacs d’anticossos, proteïnes i enzims fluorescents molt brillants que redueixen els residus tòxics. El medicamen

Mètode de preparació de biblioteques optimitzat per a la seqüenciació de propera generació

Mètode de preparació de biblioteques optimitzat per a la seqüenciació de propera generació

Resum L’arribada de la seqüenciació de nova generació ha fet possible l’anàlisi del genoma a una profunditat anteriorment inabastable. Roche, Illumina i Life Technologies, entre d'altres, han desenvolupat plataformes establertes per a la seqüenciació profunda. Independentment de l'instrument, un dels colls d'ampolla per a la seqüenciació de nova generació és la quantitat de temps i recursos necessaris per a la preparació de plantilles i biblioteques. Aquí descrivi

Avaluació crítica de la interpretació de metagenomes: un punt de referència del programari de metagenòmica

Avaluació crítica de la interpretació de metagenomes: un punt de referència del programari de metagenòmica

Temes Classificació i taxonomia Biologia computacional i bioinformàtica Metagenòmica Resum Els mètodes de muntatge, perfilació taxonòmica i enquadernació són claus per interpretar dades del metagenoma, però la manca de consens sobre el benchmarking complica l'avaluació del rendiment. El repte de l’avaluació crítica de l’interpretació de metagenomes (CAMI) ha implicat la comunitat de desenvolupadors globals a fer un punt de referència dels seus programes sobre conjunts de dades altament complexos i realistes, generats a partir de micro 700 microorganismes de seqüenciació recent i 600 nous vi

Erratum: rastreig de la dinàmica estructural de les proteïnes en solució mitjançant la dispersió de raigs X d'angle gran resolt en el temps

Erratum: rastreig de la dinàmica estructural de les proteïnes en solució mitjançant la dispersió de raigs X d'angle gran resolt en el temps

L'article original es va publicar el 21 de setembre de 2008 Nat. Mètodes 5 , 881–886 (2008); publicat en línia el 21 de setembre de 2008; corregit després de la impressió el 29 de setembre de 2008. A la versió d’aquest article publicat inicialment, l’escala de temps indicada a la figura 2 de la llegenda és incorrecta. L’escala d

Cèl·lules mare: models de malalties que mostren i expliquen

Cèl·lules mare: models de malalties que mostren i expliquen

Temes Cultiu cel·lular Orientació genètica Cèl·lules mare pluripotents induïdes Gens reporters Comunitat científica Cèl·lules mare Resum Combinar tècniques d’edició de gens amb cèl·lules mare pluripotents induïdes és potent i complicat. Principal Clive Svendsen, investigadora de cèl·lules mare i neurobiòleg del Cedars-Sinai Medical Center, recorda Clive Svendsen. Estava desenvolupa

Centrem-nos en el mapeig del cervell

Centrem-nos en el mapeig del cervell

Temes Imatges Neurociència Visualització de connectivitat funcional a l'escorça cerebral humana a partir de dades de ressonància magnètica. Imatge de cervell de Joachim Böttger i Daniel Margulies (Institut Max Planck per a Human Cognitive and Brain Sciences, Leipzig, Alemanya) amb ajuda de composició de Tobias S. Hoffm

Espectrometria de masses per a la biologia de la cromatina

Espectrometria de masses per a la biologia de la cromatina

Temes Cromatina Anàlisi d'histones Espectrometria de masses Per descobrir noves marques d’interes i interaccions, els investigadors recorren als sofisticats instruments de proteòmica. Principal Els investigadors amb intenció de trencar un codi poden passar per alt. Aleshores, en els dies en què es creia que la seqüència d’ADN sola tenia tots els secrets cel·lulars, les histones, els nuclis de proteïnes que s’inspiren en l’ADN, van ser destituïdes com a poc més que material d’embalatge passiu. Ara, aquest materi

Seguint els cables

Seguint els cables

L'1 de gener de 2008 es va publicar un Erratum a aquest article Pot ser que els científics hagin desenvolupat finalment les tècniques per reconstruir esquemes de cablejat complets per al circuit neuronal del cervell humà. Nathan Blow informa. A la dècada de 1880, Santiago Ramón i Cajal va començar a examinar l'estructura del cervell humà a nivell cel·lular. Més de

El científic i el telèfon intel·ligent

El científic i el telèfon intel·ligent

Temes Matemàtiques i informàtica Les plataformes informàtiques mòbils com l'iPhone comencen a introduir-se al laboratori: una perspectiva seriosa o un conte de fades? Visiteu Methagora per veure i publicar comentaris sobre aquest article. Hi havia una vegada els telèfons que es feien servir exclusivament per conversar amb altres persones i els ordinadors tenien aplicacions de programari. L’o

Assemblea del genoma de nou: el que tot biòleg hauria de saber

Assemblea del genoma de nou: el que tot biòleg hauria de saber

Temes Bioinformàtica Algorismes d’assemblea del genoma A mesura que es combinen més genomes des de zero, els científics lluiten per avaluar i millorar la seva qualitat. Principal Preguntat sobre com és madur el camp del muntatge del genoma, Ian Korf de la Universitat de Califòrnia, Davis, el compara amb un adolescent amb grans capacitats. "

Correcció: anàlisi comparativa dels mètodes de seqüenciació d’ARN per a mostres degradades o d’entrada baixa

Correcció: anàlisi comparativa dels mètodes de seqüenciació d’ARN per a mostres degradades o d’entrada baixa

Temes Seqüenciació d’ARN Transcriptòmica L'article original es va publicar el 19 de maig de 2013 Nat. Mètodes 10 , 623–629 (2013); publicat en línia el 19 de maig de 2013; corregit després del 2 de desembre de 2013 A la versió d’aquest article publicat inicialment, a la secció Mètodes en línia “Biblioteques RNase H”, l’oració que comença amb “Hem afegit 5 ​​µl de RNasa H precalentada…” hauria d’haver llegit “Hem afegit 5 ​​μl de reacció RNase H preescalfada. que conté 10 U de RNasa H termostable Hybri

Eines de neurociència: visions cerebrals

Eines de neurociència: visions cerebrals

Els investigadors de dos centres de neurociència basats a Boston treballen per desenvolupar noves eines i tecnologia d'imatges amb l'esperança de descobrir els secrets del funcionament del cervell. Durant la setmana, el neurocientífic Randy Buckner, de la Universitat de Harvard, viatja diverses vegades entre les seves dues oficines de la zona de Boston, una al Centre Martinos per a la Imatge Biomèdica de Charlestown i l’altra a l’altra banda del riu a Cambridge, al campus principal de la Universitat de Harvard. Al Cen

Retracció: mutacions inesperades després de l’edició CRISPR – Cas9 in vivo

Retracció: mutacions inesperades després de l’edició CRISPR – Cas9 in vivo

L'article original es va publicar el 30 de maig de 2017 Nat. Mètodes 14 , 547–548 (2017); publicat en línia el 30 de maig de 2017; actualitzat en línia el 14 de juny de 2017; corregit en línia el 25 de juliol de 2017; retret el 30 de març de 2018 Aquest article es retreu perquè les variants genòmiques observades pels autors de dos ratolins tractats amb CRISPR no es poden atribuir de forma concreta a CRISPR – Cas9. El docume

Proves no paramètriques

Proves no paramètriques

Temes Dades de recerca Mètodes estadístics El 27 de juny de 2014 es va publicar un correcció a aquest article Aquest article s'ha actualitzat Les proves no paramètriques comparen de manera contundent les dades inclinades o classificades. Hem vist que el test t és robust pel que fa a suposicions sobre la normalitat i l’equivariança 1 i, per tant, és àmpliament aplicable. Hi ha un

Crida a la següent generació de reactius d’afinitat

Crida a la següent generació de reactius d’afinitat

Temes Generació d’anticossos Eines químiques Vida de laboratori Tecnologia Com a complements per als anticossos, els nous reactius destinats a proteïnes conviden a molts tipus d’experiments. Principal Si només fossin fàcils els reactius com els anticossos, estables durant molts anys, versàtils, renovables i barats i podrien permetre als científics consultar consultes de proteïnes alhora. Aquests po

Comparació de mostres, part I

Comparació de mostres, part I

Temes Edició Dades de recerca Mètodes estadístics La comparació ràpida de parells de mostres independents o relacionades requereix diferents enfocaments a la prova t . Entre els tipus d’experiments més comuns es troben els estudis comparatius que contrasten els resultats en diferents condicions com ara masculí vers femení, placebo versus medicament o abans que després del tractament. L’anàlisi

Agrupació

Agrupació

Temes Mineria de dades Tractament de dades La agrupació troba els patrons de les dades, ja que hi són o no. Moltes anàlisis biològiques impliquen la partició de mostres o variables en clústers a partir de la similitud o de la distància inversa. Per exemple, en un estudi d’expressió gènica, podríem buscar subconjunts de pacients amb expressió similar, o adoptar un enfocament complementari i identificar gens expressats de manera similar entre els pacients. El clusteri

Versió autònoma SENSOLUX®: determinació no invasiva de pH i DO en matràs de sacsejada

Versió autònoma SENSOLUX®: determinació no invasiva de pH i DO en matràs de sacsejada

Resum La determinació dels paràmetres cinètics de creixement durant el desenvolupament primerenc del procés és d’importància crucial. Com més informació s’obtingui, més estratègies d’optimització es poden aplicar per generar línies cel·lulars molt productives. La nova tecnologia SENSOLUX ® permet una mesura òptica i no invasiva de pH i saturació d’oxigen dissolt en matràs de batuda. Aquesta tecnologia prop

El bon àrbitre

El bon àrbitre

Temes Tècniques biològiques Edició Els àrbitres ofereixen un servei inestimable per avançar en la ciència. Oferim una mica de menjar per reflexionar sobre com fer efectivament els papers sobre mètodes de revisió entre iguals. Com a àrbitre, ja sabeu que jutjar la feina d’una altra persona no és fàcil i necessiteu temps i cura considerables. Com a autor

Citometria d'imatge quantitativa: instrumentació escollida per a anàlisis automatitzats de cèl·lules i teixits

Citometria d'imatge quantitativa: instrumentació escollida per a anàlisis automatitzats de cèl·lules i teixits

Temes Imatge per a mòbils Citometria de flux Resum La citometria per rastreig làser (LSC) és la tecnologia que tria per a l’anàlisi automatitzada, quantitativa d’alt contingut, d’alt rendiment a través de mostres cel·lulars heterogènies i exemplars de teixit. LSC complementa la citometria de flux, permetent l'anàlisi de mostres unides a substrats sòlids, com ara cèl·lules adherides i exemplars de teixit. També augmenta